1994年冬起，步云砖瓦厂在陶墩遗址取土烧砖，经过1995年一年挖土，约有2层楼高的陶墩遗址大部分被夷为平地，仅存墩峰，相邻的南河浜遗址幸存下来。
1996年，建设沪杭高速公路时，南河浜遗址被发现。；同年春，为了配合沪杭高速公路的建设，浙江省文物考古研究所组织人员对沿线取土地点进行考古调查；同年4月—11月，浙江省文物考古研究所考古人员对南河浜遗址进行抢救性发掘，共计发掘面积约1000平方米。
2011年，浙江省文物考古研究所考古人员对南河浜遗址A区进行了考古发掘。
南河浜遗址由几块高地组成，占地面积约2万平方米。南河浜南面的陶墩遗址，相对周围水田高约6米，东西长约80米，南北宽约40米，面积约3200平方米。2处遗址总面积约75000平方米，集中在南北长约300米，东西宽250米的区域内。
南河浜遗址分布面积较广，呈东西走向，与南面的陶墩遗址是一个整体。南河浜遗址地貌凹凸不平，中部有1块相对独立的小高地，其南面是一个小池塘，高地的西面有1座马塔庙。东北一块大高地的西部一角为B区、中部小高地为A区。在B区表土1.5米之下，发现了明代起直至崧泽文化不同历史时期的文化堆积。
南河浜遗址发掘范围分作A、B两区，在A区布10×10米探方8个，在B区西距A区30米处，布10×10米探方2个，总发掘面积约1000平方米。南河浜遗址清理出崧泽文化、良渚文化时期墓葬96座，灰坑23座，房屋7座，崧泽文化时期人工堆筑的祭坛1座，祭坛面积约100平方米，总体结构为方形覆斗状，采用不同颜色的土分块堆积垒叠筑成，土台从东北面建造，在土台扩展过程中，先民们充分考虑了台面颜色的布局，使其呈条带状排列。南河浜遗址出土了陶器600余件、玉器64件、石器80余件、骨器10余件。崧泽墓葬葬制较统一，头北面西，随葬品以陶器为主，偶有石钺，不见玉器。较有特色的葬俗是将已经残破的陶釜打碎后覆盖于死者全身。
南河浜遗址的发掘规模大、揭露墓葬多、出土文物丰富，从房屋、灰坑、祭坛、墓葬到大量器物，南河浜遗址极大地增添了崧泽文化的内涵和特点，成为崧泽文化遗址中具有重要价值的遗址之一。南河浜遗址的发掘不仅为研究崧泽文化提供了发展阶段完备的系统实物资料，而且为崧泽文化的文化分期树立了较为完整的标尺。南河浜遗址发现了崧泽文化的祭坛，为文明起源的研究提供了重要线索，是南河浜遗址作为江南文明之源比较有力的证据。崧泽文化祭坛建构建设的成熟，为良渚文化发达的筑台现象找到了根源。南河浜遗址还清楚地揭示了祭台使用过程及与其他遗迹之间的关系，这对于认识筑坛祭祀这一文化现象在江南地区的发展渊源，有着十分重要的意义。
2006年5月25日，南河浜遗址被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
2018年，大桥镇人民政府筹备国家级遗址公园保护规划，以完整保留南河浜遗址的历史记忆和脉络。
1996年，浙江省文物考古研究所考古人员在小高地（南河浜遗址）周围拣到了几块陶片，有崧泽与良渚时期的印记，确定它是一处史前遗址，决定对它进行抢救性发掘。因不敢肯定距陶墩遗址100米的这片小高地是否为同一遗址的2个部分，因小高地叫“南河浜”，于是考古所小分队决定命它为“南河浜遗址” 。
嘉兴地处长江下游环太湖地区在新时期时代就有先民在此繁衍生息，先后形成了马家浜文化、崧泽文化和良渚文化。南河浜遗址是崧泽文化的代表，上承马家浜文化，下接良渚文化，完整保存崧泽文化2期5段过程 ，即早期1段与马家浜文化紧接，晚期2段处于良渚文化的前夜，贯穿了崧泽文化始终。
文明起源和早期发展阶段，长江流域正是“多元一体”文化格局中的重要组成部分，其中的典型代表——分布于长江下游地区、以浙江北部为中心的良渚文化已经进入了文明阶段，而崧泽文化正是良渚文化发端的重要源头之一。良渚文化祭坛是其进入文明时代的一个重要标识。
2018年9月28日，南河浜遗址展示馆正式开馆，建筑面积200多平方米，分上下2层，由序厅、文化分期的重要标尺、文明起源的线索、文化遗存和结语5个部分组成。
