早在新石器时代，这里就有人类居息繁衍。西周时为周原的一部分，属西周王畿属地之一。西周末，秦襄公因护送平王东迁有功，始封诸侯，并赐岐西之地，雍地属之。
秦德公元年（公元前677年），秦国徙都于雍（今陕西凤翔）。此后，凤翔为秦都。
秦穆公三十七年（公元前623年）称霸，自此，到孝公图强，为始皇统一中国大业奠定了基础。
雍城遗址位于关中西部渭河北岸的黄土台原，即今本市凤翔区城南郊。为国务院1988年1月13日公布的第三批全国重点文物保护单位。
自秦德公元年（公元前677年）初居雍城大郑宫。到秦献公二年（公元前383年）的290余年间，雍城一直是秦国政治、军事、文化、经济的中心。经过19位国君的苦心经营，秦人在此完成了氏族社会末期到奴隶社会的过渡，又开始了向封建社会迈进，为秦始皇统一全国奠定了雄厚的基础。作为国都，雍城筑起了规模巨大的城垣，修建了壮丽宏伟的宫殿，成为当时全国发达的都市之一。秦献公东迁后，雍城虽然失去了政治中心的地位，但作为故都，秦人烈祖烈宗的陵寝及宗庙仍在此地，许多重要祀典还在雍举行。秦人因此仍不断对这里的宫殿建筑加以修葺。
汉代在此设雍县，雍城秦时宫殿仍继续沿用。汉高祖还在秦国国君修建的祭祀天地的场所，即鄜畤、密峙、吴阳上畤、吴阳下畤，增修北畴。据《汉书》载，从汉文帝十五年（公元前165年）到汉成帝绥和元年（公元前8年），西汉诸帝来雍祭祀五畤者共18次，其中汉武帝就达8次之多。
汉以后，雍城逐渐衰落，至唐改名凤翔区，沿用至今。
雍城遗址分为城址区、秦公陵园区和国人墓葬区。城址区位于陕西省宝鸡市凤翔区城南，雍水河之北。平面呈不规则的方形，东西长3300米，南北宽3200米，面积约10.56平方公里。当前已发现的建筑基址有20多处，其中宗庙、朝庭等建筑遗址非常重要，宗庙建筑遗址已经发掘，布局结构清楚。秦公陵园位于都城南郊的三畤塬（春秋时期称北塬）上，占地约21平方公里。当前已发现14座分陵园，共有“中”字型、“甲”字型、“目”字型大墓和陪葬车马坑48座。其中秦公一号大墓及其附属一号坑已经发掘，并建有博物馆对外展示。在秦公陵园区和雍城城址区之间为国人墓葬区，沿雍水河两岸分布，已经发掘的有八旗屯、高庄、黄家庄等墓葬区。
以陶器为主，建筑遗址周围有大量的板瓦、筒瓦、瓦当和砖。姚家岗宫殿区发现 3窖64件铜质建筑构件，构件分为曲尺形、楔形、方筒形、片状、小拐头等10个类型。高王寺发现窖藏 1处，出战国铜鼎、镶嵌射宴壶、铜敦、盖豆等共12件。战国墓葬随葬的铜器多为冥器。陶器种类也有新变化，出现了囷、茧形壶、鍪等。
宝鸡凤翔秦雍城遗址考古人员在秦公一号大墓的西南侧发现了一个神秘的车马坑。车马坑里有大量的车马器、马骨和其他牲畜的骨头。车马坑非常简单、粗糙，而且没有轮子，这很像文献上所说的专门用于祭祀的禺车，也就是木制的假车。据推断，它是秦公大墓的祭祀坑，属于秦公一号大墓所有。
2011年，在秦国雍城遗址内勘察出6条古道路，经考古发掘确认其中一条长达140米的古道为西汉时期的“国道”——回中道的一部分，古代行宫离馆的通行大道，基本路宽18．3米，接近十字路口处宽度近21米，路土厚度20厘米。发现的车辙宽度分别为1米和1．4米，车辆碾轧出的多条辙梁如今仍清晰可见，对研究古代道路发展史和城市变迁史等均具有重要意义。
1978年凤翔区成立雍城文物管理所，树立保护标志，建立资料档案，负责遗址的日常保护工作。
2006年，国家文物局、财政部制定《国家十一五期间大遗址保护总体规划》，将雍城遗址纳入大遗址保护项目。2007年8月，宝鸡市文物局和宝鸡先秦陵园博物馆委托陕西省文物局西北大学文化遗产保护规划中心编制《秦雍城遗址保护总体规划》，该规划2009年4月经陕西省文物局及有关专家讨论通过，上报国家文物局。按照国家文物局的意见，规划经过多次修改完善，终获批准。
秦雍城遗址规划的主要内容包括考古与保护项目、展示项目、基础设施项目和环境整治和绿化项目等，在整体保护的基础上，对其进行合理有效的开发利用，不仅可以发挥其社会教育功能，而且可以使其成为区域旅游发展中的亮点，对促进宝鸡市文化旅游发展和大城市建设必将产生重要的意义。
秦雍城遗址从20世纪50年代开始考古挖掘就从未间断，在进行了十多年的先期基础性调查的准备后，考古人员对遗址进行了零星发掘。20世纪70年代中期到上世纪80年代中后期，考古人员对遗址进行了一系列连续性发掘，基本确定了雍城遗址的格局，大量代表性成果都是在那一时期产生的。
1988年1月，秦雍城遗址被国务院公布为第三批全国重点文物保护单位。
20世纪90年代以后，对遗址的研究和发掘进一步深化推进。经历了数十年的考古调查与部分试掘，考古人员发现雍城遗址分为城址区、秦公陵园区和国人墓葬区。遗址平面呈不规则方形，东西长3300米，南北宽3200米，面积约10.56平方公里。
已发现的建筑基址有20多处，在城址区西南部发现了古代藏冰的“凌阴遗址”，宗庙建筑遗址已经发掘，布局结构清楚，是现存布局完整的高等级宗庙实例。
秦公陵园位于都城南郊的三畤塬（春秋时期称北塬）上，占地约21平方公里，共有“中”字型、“甲”字型、“目”字型大墓和陪葬车马坑48座。其中发掘的秦公一号大墓是全国大的木椁墓，现已建有博物馆对外展示。国人墓葬区位于秦公陵园区和雍城城址区之间，沿雍水河两岸分布，已经发掘出八旗屯、高庄、黄家庄等墓葬区，对秦国中小型墓葬的分布和葬俗等的研究提供了实物资料。
2006年，国家有关部门制定《国家十一五期间大遗址保护总体规划》，将雍城遗址纳入大遗址保护项目。
2007年8月，宝鸡市文物局和宝鸡先秦陵园博物馆委托省文物局西北大学文化遗产保护规划中心编制《秦雍城遗址保护总体规划》，从2008年开始，先后有三四十名专家、老师、学生参与规划的编制，2009年4月，经省文物局及有关专家讨论通过，上报国家文物局。按照国家文物局的意见，规划经过多次修改完善，于日前获批。根据规划的总体情况，秦雍城遗址保护主要包括考古与保护项目、展示项目、基础设施项目、环境整治和绿化项目等。在整体保护的基础上，对其进行合理有效的开发利用，不仅可以发挥其社会教育功能，而且可以使其成为区域旅游发展中的亮点，对促进文化遗产旅游和提升市民人文素养等都将产生重要的意义。
