遗址中心部分面积为6万平方米，外缘面积12万平方米，是一处较大型的遗址。遗址东2公里为古老的泗河，遗址北侧有一条古河道。中国社会科学院考古研究所对此遗址共进行了7次发掘，揭露面积10180平方米，发掘出新石器时代墓葬899座，房址14座，灰坑423座。除大量石、陶、骨、玉、蚌、牙、角质器物外，还出土了不少的动物遗骸等。
王因遗址分为五层，二至四层为大汶口文化早期地层，第五层为北辛文化晚期地层。王因遗址墓葬全部出在大汶口文化地层中，葬式以仰身直肢葬为主，合葬和二次合葬占一定比例，侧身和曲肢葬为数较少。
王因遗址墓葬区是全国大的史前墓地之一和发现墓葬氏族公共墓地。王因遗址的发掘以墓葬区为主，尚有大面积的生活区保存完整。王因遗址中出土的生产工具、生活用具、墓葬随葬品以及亚热带动物遗骸，为研究史前生活习俗、埋葬方式、人类体质特征和史前环境提供了重要的实物资料。王因遗址所反映出来的大汶口文化和北辛文化，从而对确立两种文化的传承关系，提供了非常关键的地层依据。王因遗址的发掘资料由中国社会科学院考古研究所编著为《山东王因》考古专著，并由科学出版社出版发行。
