隋仁寿二年（602年），隋文帝颁发“隋国立舍利塔诏” ，兖州籍高僧法性奉旨将建塔供奉的佛舍利从隋国京都洛阳护送到兖州普乐寺，兖州普乐寺供奉佛舍利宝塔始建，初为十三层木塔。
普乐寺初为尼寺，唐中宗神龙元年（705年）二月改名中兴寺，神龙三年（707年）改名龙兴寺。盛唐时期，龙兴寺香火鼎盛，庙宇和宝塔进行了豪华的维修和装饰。
宋太平兴国七年（982年），龙兴寺改名兴隆寺。宋嘉祐八年（1063年），兴隆寺宝塔改建为宋代形制砖塔。
清康熙七年六月十七日（1668年7月25日），兴隆寺宝塔在莒县—郯城地震中被震毁，清康熙十一年（1672年）版《滋阳县志》记：“震毁房屋，压弊男妇多人，兴隆寺塔毁”。康熙三十一年（1692年）至康熙五十九年（1720年）重建。
1948年，兖州战役爆发，兴隆塔遭受炮弹袭击所幸没有造成较大破坏。
1985年，山东省政府拨款对兴隆塔按修旧如旧的原则重修，1986年春节时对游人开放。
2009年，兖州市政府拨款对兴隆塔进行维修。
2013年，兴隆塔成为全国重点文物保护单位。
二层外部设平座，二、四、六、七层盲窗修饰，通体区分两截，上下叠加，呈母子相托状。下七层粗大深厚，内设台阶式砖梯踏步，层间设回廊，游人可顺梯拾阶回旋而上；两截间形成2米宽的阳台，四周有石雕栏杆，凭栏远眺，风物尽收眼底。上六层骤缩细小，挺秀玲班，直入云端；六层空心，设有楼板木梯直至塔顶（现已拆除）；塔顶用琉璃瓦制成的莲台宝相式宝刹，塔内有题名碑记6块。
远观兴隆塔就像一座小塔置于大塔之上，形成了“塔上塔”的独特风格，这种十分罕见的塔制形式，曾经引起了著名的古建筑大师梁思成先生的注意和疑惑，并与他的夫人林徽因女士在1936年7月专程来到了兖州考察兴隆塔。
2008年8月，兴隆塔地宫被盗，被盗取文物经海关查获。兴隆塔地宫被盗后，文物部门对兴隆塔地宫进行了维修加固，考古发掘出土一批珍贵文物，包括一座石函，石函内又发现了鎏金银棺、金瓶、舍利、“佛牙”和玻璃瓶等文物。石棺外还有一块“安葬舍利”碑刻，介绍了兴隆塔和地宫的建造年代、原因和经过，更重要的是记述了顶骨真身舍利的来历和供养过程。经鉴定，石函、鎏金银棺、舍利金瓶为国家一级文物，舍利碑刻、玻璃瓶为国家三级文物。据山东省文物考古界专家介绍，这一重大发现在国内十分罕见，对历史文化研究、佛教史研究、绘画艺术研究、制作工艺研究具有重要价值。
1977年，山东省革命委员将兖州兴隆塔列为山东省重点文物保护单位。
1981年3月，《中国名胜词典》将兴隆塔资料载入书中。
2013年5月，公布为全国重点文物保护单位。
2015年，兖州市政府建成兖州兴隆文化园。
根据兖政发（2009）28号文确定保护范围是兴隆塔外缘向四周各延伸50米。建设控制地带是保护范围外缘线向四周延伸，向东100米，向西50米，向南50米，向北50米。
兴隆塔塔上有塔
兖州兴隆塔为八角形13层楼阁式空芯砖塔，通体分为两截。下七层粗大，上六层骤缩而细小，上下叠加，呈难得一见的母子相托状。
兴隆塔是比较典型的楼阁式的佛塔，兴隆塔是13层，53米高，基座是48米长，兴隆塔从下往上越来越窄，到了第7层往上骤然变小，形成了塔上有塔的奇观，这个奇观在佛塔的历史上是少的。
兴隆塔多少年来都是兖州城的制高点，登高望远，风物尽收眼底，美丽的“兖州八景之一”—“兴隆塔影”，还经常出现在艺术家们的创作中。
一块位于兴隆塔第7层的石碑刻于宋嘉祐八年。碑文告诉我们，兴隆塔建于宋嘉祐八年。这一年，正是地宫中出土的那块石碑完成的年代。两个文物正好印证了一个事实，那就是宋嘉祐八年，为了安葬法藏所带回的佛顶骨舍利，兖州建起了兴隆塔。
