小珠山遗址文化堆积分三层：下层石器以打制的为主，器形有刮削器、盘状器、网坠、石球以及磨盘、磨棒。磨制石器仅石斧一种。发现有骨器。陶器以含滑石黑褐陶为主，均为手制，器形简单，主要是一种粗陶直口筒形罐，纹饰多竖“之”字形线纹，另有少量刻划纹。兽骨的种类有鹿、獐、狗,以鹿为多；还有一定数量的贝壳。
在中层发现有居住面、柱洞等建筑残迹。石器以磨制的为多，有斧、锛、镞。打制石器较少，有铲、无孔刀、镞以及磨盘、磨棒。有骨(牙、蚌)器。陶器为手制，多夹砂红褐陶,器形主要是侈口筒形罐,多饰刻划的斜线三角纹、人字纹；还有少量泥质红陶黑彩的彩陶片和个别的泥质黑陶三足觚形器等。兽骨的种类有鹿、獐、狗、猪；贝壳数量很多。据放射性碳素断代并经校正，中层的年代为公元前4300―前3900年左右。
上层石器以磨制的为主，有斧、带肩斧、锛、双孔刀、镞。打制石器仅有网坠及磨棒。还发现了骨器。陶器为手制，主要是夹砂黑褐陶，多大口或小口的鼓腹罐，还有少量的鼎、豆，纹饰主要为附加堆纹和刻划纹。兽骨的种类有猪、狗、鹿、獐，以猪为多；也有大量贝壳，并有极少的鲸骨。
从遗物可以看出，当时已有一定的原始农业，饲养狗、猪等家畜，渔猎占相当大的比重。此外，从中层的三足觚形器和上层的三环足盆等，可看出分别受到大汶口文化和山东龙山文化的影响。
