昙石山遗址为典型的海洋性贝丘遗址。昙石山遗址自1954年发现以来经过8次考古发掘，发掘面积达2000平方米，几乎是由当时人们丢弃的蛤蜊壳、贝壳、螺壳堆积起来的，厚度一般在1米左右，有的地方厚3米左右，所以又称“贝丘遗址”。
昙石山遗址是文化内涵丰富的新石器时代晚期遗址，文化层中含大量蛤蜊壳，厚度一般在1米左右，最厚达2米多，有上、中、下三层叠压关系。它的上层包含有青铜时代黄土仑文化和新石器时代末期至青铜时代早期的东张中层文化的遗物，中层和下层是昙石山文化的两个时期。
昙石山文化的特点是：生产工具以小型石锛为主，前期磨制较粗糙，后期磨制较精致；前期和后期都使用大型牡蛎壳制成的工具——“贝耜”；陶器以泥质灰黑陶为主，前期则以细砂红陶和泥质红陶为主；日常生活的陶质器皿以釜、罐、豆、碗、杯、壶为多，流行圜底和圈足器，三足器少见。
昙石山遗址的年代，根据中层出土的兽骨标本碳-14测定的数据为3905±90BP，中、下层年代距今约在5500至4000年前后。
昙石山遗址是福建考古史上第一次大面积的科学发掘，发现的遗迹遗物相当丰富，对于探索闽江下游及沿海地区原始社会晚期的历史和社会经济面貌具有十分重要的价值。1996年，福建省人民政府公布为第四批省级文物保护单位。
昙石山文化遗址仍有三分之二尚未挖掘，待全部建成后，其规模将超过半坡遗址、河姆渡遗址。1996年，在原址建立福建省昙石山遗址博物馆。
昙石山遗址博物馆位于福州城西24公里处的闽侯县甘蔗镇，距省会福州仅20公里，占地42.5亩，它将昙石山第八次考古遗址现场保护并直接展示给观众，真实生动地反映出原始社会晚期闽人先祖生产、生活和墓葬的状况。博物馆内展出1954年以来昙石山遗址八次考古发掘的珍贵文物和图片资料，是福建省原始社会昙石山人劳动生息的缩影；黄土文化展览厅，展现奴隶社会先秦闽族精美的仿铜印纹陶器和丰富多彩的历史文化；考古遗址厅，第八次发掘的30余座墓葬、陶窑和壕沟等考古遗迹和文物按原貌展出，让观众有亲临考古现场之感。昙石山文化遗址有六样堪称“中华之最”的宝贝。
昙石山人颧骨，137号墓主人为25岁左右的年轻女性，其中左侧颧骨分为上下两部分，下方颧骨块被称为“日本人骨”，现日本人大部分有这块颧骨。可以证明，日本文化不仅受到中国文化的影响，连日本人种也有可能要追溯到昙石山人。在遗址殉狗坑旁的夯土祭祀台上，出土了一件原始瓷罐和四件原始瓷器。这些原始瓷器距今3000多年，都施有青绿色釉。提线陶簋，在131号夫妻合葬墓中出土了11件陶簋，其中一件陶簋口沿造型为全国罕见。
竖立坑中的殉葬男奴，在奴隶陪葬坑中，殉葬的男奴竖立坑中，粗壮的大腿骨和脚趾清晰可辨，显然是活埋时挣扎所致，反映了3000年前奴隶殉葬的残酷。18件陶釜，陶釜相当于现代的砂锅。在131号夫妇合葬墓底下，发现了大小陶釜18件，在这全国新石器时代墓葬中绝无仅有，以此追溯沿江靠海的福州人有爱喝汤的饮食文化。
