历史沿革
南京港具有悠久的历史，早在公元229年三国东吴时期南京港已成为“江道万里，通涉五洲，朝贡商旅之所往来”的通海港口。
南京港
明代为都城门户港，近代为帝国主义争夺控制的重点港。1858年《天津条约》定为通商口岸。1882年招商局在下关设置了第一座轮船码头。1897年清政府批准开南京为通商口岸。1912年津浦铁路通车后，南京港以水陆中转为主。解放前夕，南京港区的长江两岸还是自然土坡，码头简陋零散，无统一管理机构。战争导致南京港设施遭到严重破坏，南京港基本处于瘫痪状态。
1954年成立了南京港务局统管了港区两岸的有关码头、仓库。从1949年南京港通过能力107．5万吨，发展到1962年上升到了888.6万吨。1963年开始兴建机械化煤码头"两台翻车机"（火车皮整箱翻卸），标志着南京港步入机械化港口行列。到1965年先后两期工程竣工投产，使得港口年通过能力达到了1188.6万吨。
1978年油港开业，南京港成为中国内河最大油港。1984年新生圩外贸港区建成，南京港成为中国内河最大的外贸港口，标志着南京港由传统的以能源中转为主的内河港向开放型多功能江海型主枢纽港口转变。1987年中美合资的南京国际集装箱装卸有限公司成立，南京港成为中国内河专业化程度最高的集装箱港口；1990年南京港惠宁码头有限公司成立南京港成为中国内河最先进的专业化散货装卸港口，南京港已初步成为以能源、外贸和集装箱运输为主，公用码头和货主码头并重，功能比较齐全的大型综合性港口，在长江三角洲地区的港口群体中发挥着重要作用。
港口的功能不断拓宽,船货代理、外轮理货、江海水运、港机制造、港务工程、车船修理、广告音像、房地产开发、港区加工等多元产业的格局已经形成。“为了一切货主，为了货主的一切，一切为了货主”已牢固地树立为南京港职工的经营准则。港口连续十年被部、省、市评为文明单位。
1992年6月，南京港加入国际港口协会，成为中国大陆首批正式会员港之一。
2003 年货物吞吐量已达 6600 多万吨。是我国内河第一大港。
2016年4月7日，南京港与宜宾港投资合作协议签字仪式暨“宜宾—南京”集装箱直航快班首航仪式在宜宾港举行。“宜宾—南京”集装箱直航快班首航，共搭载集装箱144个、重约2600吨，货物包括金属硅、白糖等。直航快班的开通，将大幅提升两地间航运物流运行的效率，船舶在宜宾与南京之间往返航行时间缩短三分之一，成本将下降10%。该直航快班今后将每周发一班，同时提高综合运输物流链管理水平，构建一条西部至长三角地区水上快速物流通道。南京港通过宜宾节点，可以将业务辐射至周边省份，有力促进长江经济带物流运输，让经济往来更加畅通。
区位优势
南京港是长江下游水陆联运和江海中转的枢纽港，处于铁路、公路、管道、航空和水运的交会点。南京港位于江苏省南京市，距吴淞口400余千米，航道水深，港区宽阔，自然条件良好。南京港早在三国时就成为军港和商港，元代和明代起是南粮北运起运港口之一，也是明代航海家郑和下西洋的基地港。中华人民共和国建立后，对南京港进行改造与大规模扩建工程。1961年在浦口建成机械化装卸的煤码头，1971年建成原油中转码头。此后又新建了新生圩港区。港区长98千米，港口沿江两岸布置，拥有7个港务公司和50多座码头，其中有万吨级深水泊位13个，万吨级以上锚地泊位6个。所处江面最宽处达2.5千米，最窄处1.5千米，主槽水深5～30米。在南京长江大桥下主航道水深超过10米，万吨级船舶可常年通航。南京港进出口货物主要有煤炭、石油、矿石、钢铁、杂货和集装箱。客运有至上海、芜湖、九江、武汉、重庆等沿江城市班轮往来，也有至香港的江海旅游航线。
南京港具有独特的地理位置和区位优势，是万吨级海轮进江的分界点。津浦、沪宁、宁芜等铁路，沪宁、宁通等高速和104等国道，长江水运主通道，禄口国际机场，鲁宁、甬沪宁输油管道等共同构成完善的集疏运体系，使其同时具备海轮、江轮运输以及江海转运、长江转运、铁水联运、管水联运的功能，成为全国性综合运输、南北物资交流重要节点和长江流域中上游地区理想的货物中转枢纽，是南京市及其周边地区的经济发展的重要依托，是实施西部大开发的窗口之一，是中国内陆重要的江、海、陆多种运输方式相衔接的综合运输枢纽和现代物流服务基地，南京港将以原材料、能源等大宗散货和集装箱运输为主，大力发展临港工业和物流业，建设成为多功能、综合性港口。2007年实际完成货物吞吐量1.07亿吨，集装箱吞吐量首次突破100万TEU，双双创下历史新记录。
2005年8月，南京港与上海国际港务集团公司、中国远洋运输集团总公司联合组建了南京港龙潭集装箱有限公司，主要经营南京港龙潭港区集装箱码头一期工程，开展集装箱装卸、仓储、拆装箱、电子数据交换及信息咨询、物资设备销售修理和港口开发与建设等多项业务。
而根据国务院最新的要求把南京市建设成长三角面向中西部的门户城市的要求，南京市确立了建设长江国际航运物流中心的总目标：
为此南京港“十二五”期间立了三大发展目标：一是要保持南京港在长江全线港口企业中的领先地位。建成长江集装箱转运中心、长江沿线最大的煤炭中转储存配送基地、石油化工中转基地和外贸散杂货中转基本港。力争2015年港口集团货物吞吐量达到亿吨，集装箱吞吐量达到300万TEU。2020年港口集团货物吞吐量达到1.8亿吨，集装箱吞吐量达到400万TEU。二是建成南京长江国际航运物流中心核心枢纽。“十一五”期跨“十二五”，全面建成龙潭港区，开发建设七坝港区和西坝港区，并对老港区进行技术改造，使港口规模和能力快速提升，充分发挥作为航运枢纽、物流中枢和承接国际资本与产业转移新平台的作用。三是打造南京都市圈大物流平台。通过重组改制和战略合作，创新资本合作及融资渠道，整合南京市及周边港口资源。积极推进龙潭保税港区建设，促进区港联动发展。充分利用南京港股份公司上市资源，加大资本运作力度，使南京港口资源效用最大化，构建具有较强国际竞争力的公共物流服务平台。从战略举措上，以建设长江国际航运物流中心作为南京港口发展的主攻方向，加快主枢纽港建设，重点打造以龙潭港区为依托的集装箱物流基地、以江北港区为依托的能源化工物流基地和以新生圩港区为依托的外贸散杂货物流基地，通过实施“五大战略”，着力推进“五个提升”，即：实施资源整合战略，提升港区功能；实施市场拓展战略，提升营销水平；实施资本运营战略，提升经营效益；实施多元经营战略，提升产业素质；实施管理创新战略，提升管理能力。
深水航道
如今长江航道10.5米的维护水深已贯通南京，可满足3万吨级海轮全天候通航以及5万吨级海轮乘潮通过的要求。南京港已建和在建的重点外贸港区码头都按照兼顾5万吨级水工结构来设计，并预留了航道整治后对码头进行升等的余地。但受镇江尹公洲航道制约，南京港尚未实现3万吨级海轮全天候通航，造成大型海轮进江不能直达南京，增加了航运物流成本，影响港口深水岸线资源的高效利用以及港口综合运输优势的充分发挥，制约了包括南京在内的地区经济发展。
长江下游12.5米深水航道上延南京的工程正在加紧准备，方案已经省交通运输厅上报国家交通运输部。如工程完成，第四代集装箱船和5万吨级海轮将全天候直达南京，7万吨级散货船乘潮减载能直达南京。南京港将向现代化海港迈进。南京港将真正成为江海连运的的枢纽。为服务中西部做出更大贡献。
自然条件
风况：常风向东北，年平均风速2.6米/秒，强风向西北，最大风速25米/秒，瞬时极大风速39.9米/秒。夏秋二季的热带气旋（台风）对港区有一定影响。
降水：年最大降雨量1612.3毫米，年最小降雨量567.6毫米，年平均降水量1001.8毫米，年平均降雨天数120天，日降雨量大于和等于中雨的天数年平均为29.4天。
雾况：年平均雾日32天，雾日以2、4、8月居多，一般为辐射雾，持续时间不长。
气温：年平均气温15.4℃，历史最高气温43℃，最低气温－14℃。
冰况：年平均降雪日9天，最大积雪厚度51厘米。
属长江感潮段。历年最高水位10.22米，最低水位1.54米，年平均水位5.31米（吴淞零点为基准）；枯水期平均潮差0.7～0.9米，洪水期平均潮差0.3～0.5米，最大潮差1.56米，最小潮差0.1米。
辖区范围
北岸上自驷马河河口，下至仪征泗源沟，全长110公里；南岸上自慈湖河口，下至大道河，全长98公里。自然岸线长208公里。
性质功能
交通部、江苏省1995年联合批复的《南京港总体布局规划》明确南京港的性质功能是：南京港地处江苏省省会及铁路、公路运输主干线与长江水运主通道的交汇处，是长江三角洲及长江沿线地区主枢纽港之一，是南京市和南京市为中心的区域经济发展的基础。
南京港将立足华东地区和长江流域、面向世界，成为现代化、多功能的江海型主枢纽港；并与上海国际航运中心协同发展，成为中国国家长江航运中心和国家现代物流中心。
腹地范围
直接腹地：南京及安徽省滁州地区。
间接腹地：水陆中转腹地：津浦线、沪宁线、宁皖赣线铁路沿线地区。江海中转腹地：长江沿线的重庆市、四川省、湖南省、湖北省、江西省、安徽省、江苏省的沿江地区。
岸线利用
根据1995年交通部及江苏省联合审批的《南京港总体布局规划》，结合所掌握的建设项目情况，估计南京港辖区范围内尚余宜港岸线约44公里，其中：深水岸线约14公里，主要包括龙谭7.5公里；西坝4公里；仪征等2.5公里。
体制改革
南京港务管理局实行政企分开，设立了南京市港口管理局，与市交通局合署办公，在市交通局增设港口管理处，按照《港口法》规定，具体履行行业管理职能，南京港务管理局在分离行政职能后，整体更名为南京港口集团公司，保留国有资产投资主体功能，2003年底前完成资产剥离工作，改制成为多元投资主体的有限责任公司。
助航信息
航道：长江下游从南京到长江口为通海航道，龙爪岩至燕子矶航道维护水深-10.5米，宽大于200米，航道转弯半径远远大于5倍通航船舶的船长。满载淡吃水水深-9.70米以下的海船可常年通航。因受南京长江大桥净空高度和航道水深限制，大桥以上5000吨级船可到芜湖，在中洪水位时可达九江、武汉；3000吨级船可到武汉、城陵矶。港区有航行标志82处，包括过河浮标15处，船浮60处，沿岸标志7处。另外还有5组桥涵标。
锚地：共有八处，分别是梅中锚地、梅子州锚地、上元门锚地、新生圩锚地、栖霞山锚地、鸟渔州锚地、仪征锚地和联检锚地。
