故事简介
就读初中二年级的鹿目圆，过着平凡幸福的生活。神秘转学生晓美焰的出现，开始让小圆的命运有了巨大转变。某日一只名为丘比的神秘生物，希望小圆能够与它签订魔法契约，成为“魔法少女”以对抗邪恶的魔女保护世界。正当小圆犹豫烦恼之时，好友沙耶香先一步成为“魔法少女”后，两人才发现原来签订契约后，需付出的代价远比远比想象中巨大甚至残酷，这一切真相都再次冲击小圆想成为“魔法少女”的想法。
用语解说
未来
故事中各项城市建设都相当前卫，富有概念性。相对作品制作时间来说是发生在未来的事。
见泷原町
角色所居住的地方。急速发展，坐拥较先进的建筑物和设施，包括数年前大幅改建的见泷原中学，也就是大部分角色就读的学校。
孵化者（Incubator）
宇宙中拥有古老文明的种族——孵化者（Incubator），见证了人类从原始社会发展至今的文明。除极少数个体外不存在感情，拥有能将感情转化为能量的技术。为了满足宇宙无数种族的能量消耗、避免整个宇宙陷入热寂的状态而寻找能源，后发现人类的感情转化而来的能量竟能凌驾于熵，于是决定牺牲人类个体的一小部分来为全宇宙提供能量。与拥有资质的少女签订契约，实现少女的愿望并令其成为魔法少女。
契约
指“成为魔法少女”的契约。丘比会实现任何愿望，但作为代价，少女们会成为魔法少女，肩负与魔女战斗并消灭魔女的使命。否则，会因为灵魂宝石的污秽积累变为魔女。
魔法少女
与孵化者签订协约的少女。身体本身不具备灵魂，灵魂存放在“灵核”内。签订协约时，需要先许一个愿望。那个愿望决定该魔力初次生效的效应，以及魔法少女所拥有的初始技能。许愿衍生的技能会受到许愿者心理活动的影响（例如杏子的幻惑技能被封印）。由于魔法少女们所许的愿望各不相同，因此在能力方面大都自成一家，能力相同者至今未出现。由于灵魂被单独抽出，拥有类似僵尸的性质，身体被伤害、破坏后可以使用灵核来修复，并不会死亡。“只要灵核不被破坏就是无敌的存在”（Incubator原话如此）。旧世界中，最后大都因为陷入绝望或灵魂宝石被污染而成为魔女，新世界中最终会因为“圆环之理”凭空消失。与魔女不同的是，变身后的魔法少女仍然可以被普通人类发现，这给魔法少女的魔女退治工作造成了一定程度上的妨碍。
魔女
魔法少女旧世界中的最终归宿。因为希望转变为绝望而堕入内心的黑暗，或者灵核没有来得及净化，都会导致魔法少女转变为魔女。魔女躲在自己的结界中，到处散播绝望。普通人类看不到魔女。
因为每个魔法少女生前的能力和经历不同，每个魔女的形象、能力、结界内置都各成一家，并且也存在大量物象来暗示这个魔女生前的经历。例如沙耶香变成的人鱼骑士，其实人鱼骑士的形象暗示其生前的魔法少女形象和能力，人鱼象征悲恋，不断演奏的弦乐象征她未能实现的爱情，时常展示的伸臂求拥抱手势象征她生前寂寞。
使魔
魔女的分身，同样会迷惑人类，成长到一定程度会变成魔女。
魔女之吻
被魔女控制的人身上的某种纹章。每个魔女都有属于自己的纹章，被哪个魔女迷惑，身上就会出现相应魔女的纹章。世界上很多莫名其妙的自杀事件都和魔女之吻有关。
灵魂宝石（Soul Gem）
被丘比选中的女孩由于契约产生的宝石，即灵核。是魔力之源，也是魔法少女的证明，同时也是魔法少女自身灵魂的容器。经丘比的提取，魔法少女的灵魂和肉体相剥离，魔法少女成为“僵尸”一般的人。身体由灵魂之石遥控，范围大致是半径一百米。使用魔法、战斗时消耗魔力，伤痛情绪积累或魔法少女本人陷入绝望都会使得灵核浑浊，需要定期用悲叹之种吸取污浊。当魔法少女的灵魂宝石被完全污染变为漆黑的时候便会诞生悲叹之种。灵魂宝石破碎产生悲叹之种时，会释放庞大的能量。
悲叹之种（Grief Seed）
由魔法少女的灵魂宝石黑化后破碎产生，也可以在击败魔女后获得。它能吸收灵魂宝石的污秽，是灵魂宝石的重要净化道具。因污秽的收纳量有限而存在使用次数的限制，达到使用次数限制的种子一定时间后会引起魔女的孵化。为了避免“好不容易击倒了魔女获取了种子，却因为种子使用过多而又孵化出了新一代魔女”这类情况的出现，丘比负责将使用过多的悲叹之种吃掉。一说是悲叹之种与灵魂宝石类似，本质是被绝望侵蚀的灵魂，蕴含绝望所带来的灵魂能量，孵化者一族回收后可作提取能量之用。
魔兽
第12话出现的怪物。鹿目圆修正世界后，魔女不再存在，取而代之的是来源于人类内心黑暗的魔兽。悲叹之种亦不再存在，魔法少女的灵魂宝石由魔兽掉落的黑色方块（魔兽之卵）净化，使用后的方块仍由丘比回收。根据虚渊玄的访谈，魔兽就是原本魔女把魔法少女吃掉后（指魔法少女被绝望的诅咒吞食成为魔女）本应该四散消失的诅咒，放射之后形成的诅咒。比魔女的密度要薄取而代之的是诅咒的范围扩大（诅咒力量较魔女弱但影响范围比魔女要广）。
圆环之理
在重组后的世界，小圆会在魔法少女们变成魔女前夕将她们接走救赎。这种魔法少女最终必定会凭空消失的法则被魔法少女们称为“圆环之理”。
分集剧情
第1话 似乎在梦中见过的样子……
挚爱的家人与好友陪伴在身旁，有时开心，就读国二的鹿目圆，过着如此和平的生活。某天晚上，圆做了一个神奇的梦。
第2话 那真是太令人高兴了
丘比受到转学生晓美焰的攻击。圆与沙耶香在保护丘比时遭遇危机，被魔法少女巴麻美所救。她说——两人有一个能实现任何愿望的机会，但是得背负残酷的使命。
第3话 已经什么都不怕了
圆与沙耶香陪同麻美讨伐魔女。麻美成为魔法少女的理由揭晓了。两人在某天傍晚，发现恭介所住的医院，有一颗即将孵化的悲叹之种。
第4话 奇迹与魔法，都是存在的
目睹麻美与魔女的壮烈决战，圆放弃成为魔法少女。来到失去主人的麻美房间，圆对于自己的怯懦落下眼泪。
第5话 不可能有所后悔
沙耶香成为魔法少女，从魔女手中救出好友。看到恭介的手迅速康复，她感受着无比的幸福。另一方面，瞭望台上的杏子，正暗中观察着这样的沙耶香。
第6话 这样绝对有问题
沙耶香与圆，回头寻找昨天由于杏子闯入而追丢的使魔。沙耶香不惜与杏子交战的意志，使得个性温和的圆哑口无言。在这个时候，焰基于某个目的，试着与杏子进行接触。
第7话 能面对真正的心意吗？
沙耶香得知了自己成为魔法少女之后的身体变化。在沮丧于自己付出如此沉重的代价时，本应敌对的佐仓杏子出现了。杏子带着沙耶香来到某间废弃教会，她的真意是——
第8话 我这个人，真的是笨蛋
沙耶香不在乎自己的伤势，只是不断挥砍眼前的魔女。这种迷失自我，自暴自弃的战法，使得圆不由得开口苦劝，终于使得沙耶香的情绪爆发。
第9话 这种事,我不会容许
沙耶香的灵魂宝石，终于化为漆黑的悲叹之种孕育出魔女。目睹沙耶香的最后下场，圆不禁崩溃，隔天，杏子出现在圆面前，说出一项惊人的提议。
第10话 再也不依靠任何人
这是某名少女转学之后的经历。受到全班同学注目而退缩的少女。由于长期住院，学力和体力大幅衰退，令她受到自卑感的苛责。垂头丧气踏上归途的时候，她不经意闯入魔女的结界。即使这个世界，存在着无止尽的悲伤，依然怀抱著寄托的思念，继续前进。
第11话 最后留下的路标
沙耶香的葬礼在雨中肃穆进行。丘比出现在独自悲伤的圆面前，以平淡的语气述说沙耶香她们的死，圆对此感到愤怒。无法理解圆这种情绪的丘比，说出孵化者与人类共度至今的历史。
最终话 我最好的朋友
圆以充满决心的视线，注视着魔女之夜。她告诉身负重伤的焰，“我找到想实现的愿望了。”得知魔法少女命运的她，将会许愿何种愿望，做出何种决定？
