剧情简介
高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫“APTX4869”的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连，他化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。
与原作的区别
动画中各个案件的顺序与漫画原作中的顺序有很大的区别，也存在部分情节的添加、删减与变更，并增加了动画原创故事（参考下文的动画目录）。
部分人物在动画中的登场时间也有所改变，如少年侦探团的成员们在动画第1集便登场，铃木园子的登场时间也被提早。但也造成了矛盾：第1集中光彦等人见过新一，到了第192集中却说不认识新一。
动画前期的每集标题几乎都是以“××事件”的形式出现，第140集左右开始便很少再使用这种标题。
动画最初期因为“低龄化”的定位，制作组在动画中将黑社会性质的黑衣组织进行了屏蔽，修改了第5集《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中相关情节，但却造成后面的情节无法自圆其说：漫画“新干线事件”中里出现了琴酒和伏特加，柯南通过窃听得知二人的代号，[3] 但动画第5集中改成了与组织毫不相干的两人——因此“得知二人代号”变为第52集《雾天狗传说杀人事件》片头柯南在独白中提及自己已经得知两人的代号，但具体通过何种途径则不得而知。漫画“寻亲事件”中化名为“广田雅美”的宫野明美最后被琴酒和伏特加揭穿身份，并被二人暗杀，[4] 动画第13集中暗杀者改成了冲田，“广田雅美”的结局也变为被警方逮捕——由于与灰原哀登场有关的明美之死的剧情与后文无法衔接，于是动画制作组就在灰原哀登场篇之前制作了第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》，在此集中补完了明美之死的剧情，但仍然造成了剧情漏洞，即“在动画中宫野明美登场两次并抢了两次银行”；并且由于明美之死在动画中被改编，所以漫画中相关的灰原登场的情节也被延后（明美在漫画第2卷登场，灰原则在漫画第18卷才登场），作者青山刚昌便创作出了服部平次这一角色，来替代无法登场的灰原作为柯南的对手。考虑到剧情关联性的因素，动画中后期关于黑衣组织的情节也不再避讳。
动画第86集《诱拐现场特定事件》、113集《白色海滩杀人事件》改编自《名侦探柯南》漫画特别篇（见“名侦探柯南特别篇”词条），并非改编自漫画原作。
动画第219集《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》的第一个故事“钟楼对决”改编自《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇，并非改编自《名侦探柯南》漫画，这是《柯南》动画正集中唯一一篇改编自其他漫画作品的故事。此举导致动画中正面描写了黑羽快斗（第二代怪盗基德真实身份）等人的日常生活，实际上《柯南》漫画中从未正面描写第二代怪盗基德真实身份就是黑羽快斗，只点明第一代怪盗基德是黑羽盗一。
漫画Vol.57 File.8《逃亡者》未改编为正式TV版情节，仅和OP 23中的故事相似，后改编为M 18公映纪念特辑《逃亡者 毛利小五郎》（NOTTV手机电视台播出）和2015新年特辑《谨贺新年·毛利小五郎》。
因为涉及版权问题，漫画“口哨男连续杀人案”中犯人所吹的披头士乐队《Let it be》的名字，在动画533~535集台词中被完全隐去。类似地还有“奥斯卡奖”改为“粤斯卡奖”，iPhone的商标被改动。
动画第585集中，出现了“二学期”字样，表示柯南已经升入一年级第二学期（注意不是二年级，而且日本的学校一年有三个学期）。漫画中至今未出现过类似情节和叙述。
考虑到该动画的电视台播放档期为午间档（北京时间14:00~19:00之间），此时间段观看电视的主体存在未成年人，动画中死者的血液均改为黑色而非红色。在中后期部分动画中，将死者的眼睛由原作中的睁着改为闭着，不会对死者面部进行特写，之前还有尖叫警告，“尸体”一词也改用比较中性的“遗体”一词来代替。（前期部分集数已出现此现象，但后期更普遍。同时期《金田一少年之事件簿》也开始限制对尸体的描写）
动画中也修改了部分不恰当的“裙底走光”描写，“色情男”被改称“浮气男”，在第230集中也删掉了漫画中暗示琴酒与贝尔摩德有过肉体关系的暧昧对话。
动画第622集《紧急事态252（前篇）》中，考虑到“3·11”震灾中民众的心情问题，动画制作组也删除了原作中关于地震的描写。
作品评价
正面评价
《名侦探柯南》是一部长盛不衰的作品，在本土和海外都有着极高的人气。作为国民动画的标志，柯南每年4月份黄金周上映的剧场版都能在当年票房榜上名列前茅，受到广大粉丝极大的期待。作者很善于埋线索，故事里的一些重大变化都有铺垫，令观众在推理讨论中得到很大乐趣。
社会影响
《名侦探柯南》 引进中国后，热度一直居高不下，倍受追捧。这部动画片更是在国内电视台反复播出。寒暑假期间经常出现多台同映的现象。2003年，《名侦探柯南》以9.54%的收视率排名上海电视台的全年第六，成为第一部挤进中国电视收视率前十名的动画片。截至2015年10月，《名侦探柯南》单在优酷的网络播放量便达到11亿次，网友评论超过40万条。江户川柯南、工藤新一、怪盗基德、毛利小五郎都是在中国家喻户晓的动漫人物，伴随了80、90后一代人的成长。据网络调查，在中国，许多80、90后都有收藏《名侦探柯南》系列漫画及周边的爱好，可见这个童年小伙伴在中国青年一代中的影响力之大。
作品争议
2015年4月，北京电视台《法治进行时》节目批评《名侦探柯南》“一再渲染暴力血腥情节，打着动漫作品的旗号，其实是一部赤裸裸的犯罪教科书。”该节目制片人称，这期节目的制作背景是中华人民共和国文化部发起的整治互联网暴恐动漫行动，而栏目对于动漫作品对未成年人造成不良影响的态度也是非常慎重的。
然而就在该节目批评《名侦探柯南》的同时，同属该电视台的一少儿频道以每天3集的速度播出这部动漫作品。另外，该期节目中部分引用了网传的所谓“文化部整治暴恐动漫，第一批查处名单4月16日下架”的文章，该文列出了62部“下架”动漫名单，其中包括《名侦探柯南》。然而优酷土豆与爱奇艺方面皆称该“名单”不实。2015年6月8日，文化部发布了首批38部被列入“黑名单”的网络动漫产品，其中并无《名侦探柯南》。
