噶陀寺，全称是“噶陀多吉丹”，“噶陀”藏语意思是：“噶字上面”；寺址上有一巨大光滑的大白石，石上天然形成一藏文字母，读音为“噶”, 因此而得名。“多吉丹”意为“金刚座”。
噶陀寺在藏历第三胜生土兔年(1159年)由宁玛派高僧噶当巴德协(1122—1192年)创建，其中元朝的克珠.益西布巴，才学超群，证境无碍；萨迦派(花教)五祖八寺巴赴京路过噶陀寺时，拜克珠·益西布巴为上师。莲花生大师曾亲自为噶陀开光加持十三次，并在《本身传记》和诸多伏藏经中授记“雪域圣地之最，弘扬空行益西措杰密法之源”。其加持力与印度金刚座相同，故又被称为“第二金刚座”。从莲师的大弟子白如扎那译师和嘎·当巴德西开始到亚喇·白玛登为止，依于《大圆满观髻秘诀》和《大圆满心部圆诫》等十三广注闭关专修，先后得到虹化成就的修行者就有十万人之众。
噶陀寺原有的经堂、密宗神殿、修学堂、印经院、闭关房、僧房，在十年动乱中受到严重毁坏几乎成为废墟。现新建大殿三座，其中大金殿占地600多平方米，可容纳两千余名僧侣诵经习法，其建筑风格全部选用藏式彩画木雕，墙壁四周绘有释迦佛本生传及佛教寓理故事。殿内供有各种密宗本尊佛像、佛塔，庄严殊胜。修学院为一百多名到噶陀游学修法的学僧提供优良的修学环境。
该寺保存有元朝御赐的莲花生刺品残部、八思巴赠与该寺的印章，明朝文殊佛像、清朝皇帝御赐的经书《可奔全集》、瓷碗及格萨尔时期的箭簇、单耳青铜罐、兽型等珍贵文物。
宁玛噶陀法统在每年藏历六月初十莲花生大师生辰，都要举行盛大的法会。法会期间来自各地的僧侣，信众汇集于此，共同诵经祈祷。相传最大的一次法会，有十八万僧人参加，身着红色法衣的僧侣聚集在噶陀及周围的山坡上，齐声诵经，其场面壮观，气势磅礴。公元1992年，重建不久的噶陀寺在当代主寺直美信雄仁波切财力支持下，由洛珠.丹贝坚参仁波切主持了吉文.仁波切的坐床仪式和千僧大法会。又在1995年广邀宁玛各传承寺院的活佛、僧众共四万多人，举行规模浩大的“万僧大法会”，法会中，僧侣们同修“三身坛城”同为佛法昌盛，世界和平而祈祷。
