何卓佳出生在石家庄市的普通家庭，父亲何力强是一名体育教师。
2002年何卓佳在石家庄市留村体校训练，2004年在六通训练，2006年到石家庄市少年儿童业余体育学校训练，2009年调入河北省省队。
2010年，何卓佳在全国少年乒乓球锦标赛中获得女单亚军。
2013年11月，进入国家二队。
2015年，为了模仿日本选手福原爱的打法，何卓佳由反手生胶打法改为反手长胶打法。
2017年11月，在国家一二队交流赛中，何卓佳以12胜2负的“惊人”战绩，获得了交流赛第一名，晋升一队。
2018年，获得国际乒联世界巡回赛总决赛女单亚军。
2020年10月，获得2020年全国乒乓球锦标赛女子团体冠军。
2022年7月，WTT支线赛布达佩斯站女单半决赛与决赛中，何卓佳先后以4-0和4-2战胜两位日本选手芝田沙季、桥本帆乃香获得冠军。
2022年8月6日，在2022年WTT常规挑战赛突尼斯站女双决赛中，何卓佳/石洵瑶以1比3不敌队友张瑞/蒯曼获得亚军。
2022年9月，参加在成都集训基地内举行的2022年成都世乒赛团体赛中国国家乒乓球队选拔赛。
2022年11月12日，在2022年全国乒乓球锦标赛女双半决赛中，孙铭阳/何卓佳2-4不敌蒯曼/陈熠，获得季军。
2023年1月26日，在WTT支线赛多哈站2023女单决赛中，何卓佳以3-1战胜队友蒯曼，夺得冠军。
2023年8月1日，所在中国队获得第31届世界大学生夏季运动会乒乓球-女子团体决赛冠军。
2023年8月27日，在2023WTT支线赛奥洛穆茨站混双决赛中，周恺/何卓佳3-2击败姆拉德诺维奇/倪夏莲，获得冠军。
2023年8月，在2023WTT支线赛奥洛穆茨站女单决赛中，何卓佳1-3不敌陈熠获得亚军。
2023年9月3日，2023年WTT支线赛帕纳久里什泰站，周恺/何卓佳3-0击败姆拉德诺维奇/倪夏莲组合，获得混双冠军。
2023年9月3日，2023年WTT支线赛帕纳久里什泰站女双决赛，何卓佳/韩菲儿3-2A·韦格辛/K·韦格辛，获得冠军。
2023年9月3日，2023年WTT支线赛帕纳久里什泰站女单决赛，何卓佳3-0韩菲儿，夺得冠军。
2023年11月25日，WTT支线赛加亚新城站2023混双决赛，周恺/何卓佳3-1击败姆拉德诺维奇/倪夏莲，获得冠军。
2023年12月1日，2023WTT支线赛杜塞尔多夫站混双决赛，周恺/何卓佳3-1（10-12/11-6/12-10/11-9）战胜德国组合迈斯纳/万远，夺得混双冠军。
2023年12月1日，2023WTT支线赛杜塞尔多夫站女双决赛，何卓佳/王添艺3-1战胜马特洛娃/巴拉佐娃，获得女双冠军。
2023年12月，2023WTT支线赛杜塞尔多夫站女单决赛，何卓佳3-2（11-9/7-11/11-9/9-11/12-10）战胜单晓娜，获得女单冠军。
