华祖庵始建于唐天佑元年（904年）。
清乾隆二十六年（1761年），民间集资对华祖庵修缮。
嘉庆二年（1797年）复修，同治年间再次修缮。
1962年，亳县人民政府拨款对华祖庵进行维修，增设华佗纪念馆，郭沫若题为纪念馆题名。
1980年，亳州县政府对华祖庵拨款维修。
2008年，亳州市委市政府在原华祖庵的基础上增设华佗中医药文化博物馆。
2009年9月9日，华佗中医药文化博物馆正式开馆。
综述
华祖庵总占地1.3万平方米，有山门、耳房、大殿、东西殿、禅房、元化草堂、存珍斋、益寿轩、课徒馆、自怡亭、五禽戏台、药圃、洗芝池、碑廊等建筑。
古药园
古药园回廊一侧的水池便是洗药池，是华佗当年洗涤药材的地方。绕过洗药池，一片竹篱扉间，那便是药圃。华佗把野生的草药引入田间种植并在华祖庵开辟了第一块药圃，大大提高了药材的产量。药圃内遍植菊花、芍药花、射干、曼陀罗、白术等中药材。
课徒馆
课徒馆是华佗当年授徒、讲学的场所。樊阿、吴普、李当之曾在此学习。正前方有一戏台，高一米，上书“五禽戏”坛，华佗经常在此打“五禽戏”锻炼身体。
中医药博物馆
中医药博物馆是一座两层仿古水榭式建筑，第一层，介绍了中国自神农氏以来中医药发展的历程，展示了众多古代名医 ，二楼多为中医药样本展示橱柜，以及制药方法和工具，另外，还有五禽戏的真人教授舞台，用来传播健身气功——五禽戏。
建筑格局
华祖庵是传统的“三厢两厅正堂屋"结构，以挑檐式建筑为主，华祖庵山门前有双狮雄踞，进入庙祠内有东西两个大殿，穿过自怡亭径直进是元化草堂，元化草堂立于高台之上，回廊联通东西，东厢名“益寿轩”。元化草堂的西厢“存珍斋”为华佗的药房和看病的地方，分别系挂着中国历代名医画像和其乡土别传以及国内外专家学者的题词和绘画。整个院落回廊相接，绕过画廊，进入古药园，因地制宜布置水池、小桥、假山、亭榭、树木等。华祖庵的花园小路旁种有芍药、牡丹、白菊、曼陀罗、玫瑰棕榈等名贵中药草及花卉。
这两座石狮子来自谯城区十九里镇的铁关帝庙，建成于明代，分为雌雄双狮，二十世纪的70年代初石狮被运到华祖庵。
“益寿轩”上方悬有清嘉庆二年（1797年）安徽巡抚朱圭题写的“燮理通微”的匾额。殿内金柱上有朱圭题写的楹联：“五戏转灵枢道本皇轩仙位业，四轮消劫运功参地释佛菩提”。“益寿轩”内供奉着雕塑大师钱绍武为华佗雕塑的铜像。碑廊上襄着为华佗题写的诗文。
华佗字元化，一名敷。安徽亳州人，他精研歧黄，并通数经。一生不慕利禄，走街串巷、寻求方药，为人闻疾、济世活人。在1600多年前华佗就创用酒服“麻沸散”施行剖腹手术，华佗被称为外科鼻祖。又创编“五禽戏”以养生保健，开辟了中国体育医疗的先河，华佗济世救人、医德高尚，后人颂为神医。
1980年，安徽省政府拨款维修华祖庵。
1981年，安徽省人民政府公布华祖庵为全省重点文物保护单位。
2010年，华祖庵景区被全国旅游景区质量等级评定委员会评为“AAA级旅游景区”。
2013年2月，华祖庵新设置门禁系统。
地址：华祖庵位于亳州市永安街12号。
门票：10元。
交通：乘坐亳州公交1路、6路至华祖庵景区站下。
