1987年9月4日批准建馆。
1989年12月馆址建成交付使用，隶属黑河行署文化局。
1991年5月改属黑河地区文物管理委员会。
博物馆建筑风格简洁明快，外部造型呈高低方块式叠起状，正面贴黄白二色瓷砖，前有庭院、花坛和钟亭。建筑采用砖混结构，大跨度钢架过梁。
馆内共设四个展厅，面积1000平方米，二楼设有迥马廊，可鸟瞰一楼展厅。
博物馆门厅约50平方米，左侧设有贵宾休息室，正面是黑河市城市建设全景沙盘。右侧是黑河地区地图，表明黑河地区三市(黑河、北安、五大连池)、四县(嫩江、德都、逊克、孙吴)的自然地理与行政区划概况。
馆藏其中新生鄂伦春族神像是1980年一户鄂伦春族人家拆旧房时发现的，神偶和神像分别用四个长条形鸭嘴式桦皮盒盛装。这些神偶包括用木片雕刻成的太阳、月亮、星星、小鸟、蛇、鱼、乌龟等自然偶像37件;用一尺见方的布，上面缝2排或3排木、铅制的上方饰以皮毛的组合偶像3幅。另外，还有用布裱纸的水粉画像17幅。这项鄂伦春神像集品，无论是从种类还是从数量上看，在全国是仅有的。
