水木年华的所有成员虽于不同时间从清华大学毕业，在校期间却都从事过相关音乐活动或担任乐团成员。
卢庚戌在清华大学期间，买了一把吉他自学弹唱，被同学称为“校园歌手”。1992年在校成立“梦中草原”合唱团，并获当年北京市高校歌曲比赛一等奖，1994年成功举办演唱会。2000年，签约北京喜洋洋文化发展有限公司，8月发布个人专辑《未来的未来》。
李健初一时听一位老师用吉他弹奏的《爱的罗曼史》，开始喜欢音乐。高三那年参加清华大学举办的冬令营以一首《说句心里话》获得了全国第一名，最终被保送进入清华大学电子工程系。在校期间，为校园里九支乐队担任伴奏并由此认识了年长他四级的卢庚戌。虽然有音乐天分，毕业后却在广电总局做了网络工程师。工作两年多后，在卢庚戌的邀请下与其成立水木年华组合。
缪杰从高一开始学习吉他，同时开始歌曲创作。1993年考入清华大学电子工程系，经常参加音乐活动及比赛，获得北京市大学生合唱比赛第一名、清华大学校园歌曲比赛第一名。1996年获中央电视台十二演播室全国校园歌曲比赛金奖。1998年毕业至2002年在IBM担任项目经理，2002年8月加入“水木年华”。
姚勇出生于清华世家，小学学习小提琴，初中开始进入中学铜管乐队，曾随团参加如亚运会闭幕式、北京音乐厅专场等大型演出。高三开始学习吉他，1993年进入清华大学电机系并组建自己第一支摇滚乐队"泡沫"，任主唱和主音吉他。1993-1997在清华大学铜管乐团任首席长号兼声部长。毕业后离校组建软件公司，于2002年8月加入水木年华。
2000年12月，卢庚戌邀请李健一起“唱歌”，李健遂辞去工作，4个月后水木年华歌唱组合正式成立。出道不久，于2001年6月正式签约于北京喜洋洋文化有限公司；9月26日发行专辑《一生有你》，同名主打歌《一生有你》在社会中引起巨大反响。
2002年1月25日，在第8届全球华语音乐榜中榜颁奖典礼上，凭借《一生有你》打败雪村的《东北人都是活雷锋》，获得"神州内地最受欢迎新人奖"奖杯；3月8日、4月21日，参加央视《同一首歌》石景山区、北京房山区、北京技术学校的大型演出；5月，发行专辑《青春正传》。因李、卢二人“歌路和音乐理念上有差异”，《青春正传》发行不久，李健主动离开水木年华；8月，卢邀请缪杰、姚勇加入水木年华。
2003年1月，发行水木年华“新歌 精选”专辑《3》；8月，签约北京北银文化机构；9月14日，姚勇离队；11月7日，参加在北京人民大会堂举办的“北京高校原创音乐”演唱会。
2004年5月，发行水木年华限量版专辑《毕业纪念册》；10月16日，发行专辑《70.80》。
2005年，登上中央电视台春节联欢晚会；5月，发行水木年华DJ版专辑《跳舞专辑》；10月，发行单曲水木年华《完美世界》。
2006年，登上中央电视台春节联欢晚会；4月，发行专辑《生命狂想曲》；5月13日，举行“生命之狂想”2006.5.13北京演唱会；7月，发行演唱会唱片《完美世界水木年华生命之狂想2006.5.13北京演唱会》；10月，水木年华为“共同关注希望工程—圆梦行动”创作主题歌《给我一双翅膀》；11月21日，第八届中韩歌会在首尔举行，水木年华登台献唱《甜蜜蜜》；12月，发行精装版专辑《生命狂想曲三碟精装版》。
2007年，登上中央电视台春节联欢晚会；5月，发行专辑《双重幻想》；同年年底在北京、上海等六座城市举办“完美时空最好的年华”全国巡回演唱会；6月30日，参演庆祝香港回归十周年晚会；7月8日，参加”30年两岸校园歌曲经典“演唱会。
2008年2月，发行水木年华演唱会唱片《完美时空最好的年华水木年华演唱会现场版》；5月，发行水木年华宣传版EP《生命的挑战》；8月2日，与校园民谣歌手老狼、叶蓓及音乐高晓松在美国的北加州湾区硅谷举行大型巡回演唱会于全满结束；8月12日，“为奥运喝彩”现场演出，8月23日参加第29届奥林匹克运动会帆船比赛闭幕联欢晚会；10月15日，参加中央电视台《百年歌声》栏目录制。
2009年5月，发行EP《启程》；9月，发行EP《生命的意义》。
2010年1月6日，发行单曲《宝贝，你听到了吗？》；1月9日，水木年华签约英皇，成为英皇旗下的一员；2月27日，参加英皇10周年巨星演唱会；5月11日，发行专辑《启程》；5月29日，“十年·启程”巡回演唱会正式启动。
2012年8月13日，在央视“鹊桥相聚时，情歌绽放夜”七夕歌会中演出；9月，创作并发布“保钓”歌曲《我们的岛》；11月22日，举行翻唱专辑《生于70年代》发布会。
2013年9月19日，参加“梅州月·中华情”2013年中央电视台中秋晚会；11月，举办“完美世界·怒放青春”演唱会。
2014年1月，参加辽宁电视台春晚30年的录制；4月，受邀赴美参加“纽约大学中国学生学者联谊会”并演出；6月，发布电影《怒放之青春再见》的同名原声带专辑；10月2日、5日，分别在天津、郑州草莓音乐节中现场演出。
2015年10月，推出单曲《世界上最美的花》；12月5日，参加“中国移动歌会”晋江站专场演出。
2016年1月3日，在福州举行单曲《世界上最美的花》签唱会；8月，推出民谣情诗精选专辑《昨日情书》。
2020年5月，参与录制节目《天赐的声音》；7月，参加原创音乐综艺《乐队的夏天第二季》；10月23日，参加全民音乐综艺互动秀《嗨唱转起来第二季》。
2021年4月25日，创作歌手陈秋桦作为新成员加入水木年华组合；11月12日，由卢庚戌作词，陈秋桦作曲的单曲《骄傲的赌徒》正式首发。
2022年6月14日，发行专辑《手里的吉他是治愈世界的枪》；6月27日，参加“我们的紫荆花”庆祝香港回归祖国二十五周年云歌会；7月2日，参加“2022毕业歌会·闪光毕业季”节目；9月28日，参加第六届网络青晚；11月，参加《围炉音乐会》；12月23日，参加节目《我们民谣2022》。
2023年1月25日，参加《2023美好中国新歌会》；6月23日，参演音乐励志节目《天赐的声音 第四季》；9月22日，参加“向光而行”2023中关村数字音乐夜。
《勇敢的路》
《唯你一生 (乐队版)》
《昨日情书》
《永不放弃》
《唯你一生》
《午夜夕阳》
《世界上最美的花》
《怒放之青春再见》
《你的每一次呼吸》
《为梦而生》
《青春再见》
《生于七十年代》
《我们的岛》
《渴望就是力量》
《十年.启程 2010北京工体演唱会》
《水木年华05.29“十年·启程”2010北京工体演唱会》
《新年快乐》
《宝贝，你听到了吗》
《启程》
《未来的未来》
《生命的挑战》
《完美时空最好的年华水木年华演唱会现场版》
《双重幻想》
《借我一生》
《完美世界水木年华生命之狂想2006.5.13北京演唱会》
《生命狂想曲》
《生命狂想曲(特别版)》
《跳舞专辑》
《水木年华跳舞专辑》
《70.80》
《毕业纪念册》
《水木年华3 新歌 精选》
《青春正传》
《一生有你》
《3》
《生命狂想曲三碟精装版》
《凤凰花又开》
《追梦英雄》
《we are together》
《给我一双翅膀》
《we are number one》
《完美世界》
《祝福每一个明天》
《飞翔在天蓝》
《Fly with me》
《月光海》
《生命的应答》
《草莓时光》
《青春再见》
《我们的岛》
《渴望就是力量》
《新年快乐》
《李娜》
《永不放弃》
《EXPO永恒的召唤》
《宝贝,你听见了吗?》
《中国力量》
2005年，山东电子音像出版社和北京云成激光唱盘有限公司未经卢庚戌和李健的许可，使用其享有著作权和表演者权的曲目复制、出版《校园民谣十年珍藏》MP3光盘，侵犯了卢庚戌享有的著作权和表演者权，以及卢庚戌和李健共同享有的著作权和表演者权。水木年华将光盘出版方、制作方及家乐福超市告上法庭。2005年8月17日，朝阳法院判决被告赔偿水木年华约20万元经济损失。
2011年12月30日傍晚，水木年华在参与天津某场商演期间，与主办方发生纠纷，成员卢庚戌遭主办方工作人员殴打。事件发生后水木年华方面工作人员报警，警方介入处理。
水木年华经纪人海茵表示：商演结束后卢庚戌因有急事先离开了，但自己和成员缪杰的助理却遭到主办方阻拦，称必须一起合影，否则别想离开。卢庚戌得知后赶回解围，遭到主办方工作人员暴打，对方打人后曾要求卢庚戌下跪。卢庚戌面部被刮伤，头有眩晕症状，去医院做了X光和核磁共振。
报案后双方滞留派出所近9小时，最终经过警方长时间协调，双方达成协议，打人一方当面向卢庚戌道歉，并达成了书面的调解协议。
