1944年2月19日，陈祖德出生于上海的一个知识分子家庭，是陈济成之孙、陈祖芬之弟。少时曾师从围棋前辈顾水如、刘棣怀学弈。
1950年，开始跟父亲学围棋。一开始对手是大他一岁的姐姐，但只喜欢洋娃娃不喜欢围棋的姐姐，很快就不是他的对手了，让子棋已经让到25子（让子棋最大数字）。然后父亲成为他的对手，大人坐在沙发上，小孩儿坐小帆布凳。父子俩约定：等儿子赢了父亲， 就交换座位。
两个月后，父子俩交换了座位，感觉到儿子棋才不错的父亲，开始给他找老师。陈祖德的父亲当时是一所中学的校长，学校中有一个叫周己任的教员，水平比陈爸爸高出一截，于是周老师就成为陈祖德的第二任围棋老师。
周己任经常在社会上找人对弈，棋界给了他一个外号叫“周文王”。周老师跟陈祖德下了一盘棋就不再下了，他认为应该请个名师来指教陈祖德。
1951年，通过周老师的介绍，陈祖德在上海襄阳公园认识了顾水如。陈祖德得到顾水如指点后，又师从刘棣怀，逐渐显露其棋艺天才。那时，刚学围棋陈祖德根本找不到同伴一块下棋，都是同一些老前辈下。之后，陈祖德又参加上海体委围棋集训班，成绩优异。
1961年，陈祖德进入全国围棋集训队（第一个国家围棋队）。
1962、1964、1974年三次获得全国个人赛冠军，确立了在同时代棋手中的领军地位。
1963年9月27日，陈祖德战胜日本棋手杉内雅男九段，成为第一个在中国击败日本九段棋手的中国人，打破“日本九段不可战胜”的神话。
1965年10月25日，陈祖德执黑2又1/2子击败岩田达明，成为首位分先战胜日本九段的中国棋手。
1980年9月，陈祖德被查出身患胃癌。作为棋盘上的斗士，陈祖德不仅击败了病魔，而且在病床上完成了自传名作《超越自我》，并在1994年获得“人民文学奖”。这本感染至深的作品打动了无数棋迷和围棋之外的读者。著名文学家金庸曾拜他为师，邀请他到家中休养。
1992年，中国棋院成立，陈祖德担任首任院长，到2003年卸任。期间，他首创了中国围棋等级分制度、建立中国围棋甲级联赛体系、与春兰集团公司合作创办中国大陆首个世界围棋大赛“春兰杯世界职业围棋锦标赛”。
2011年1月底，陈祖德被确诊患了胰腺癌；2月，接受了手术治疗，手术获得成功。
2012年3月14日，经医院诊断，陈祖德的胰腺癌复发；11月1日，逝世。
陈祖德是《中国围棋年鉴》编委会主任，是新中国成立以来杰出教练员，曾获得“人民文学奖”。
1964年、1966年、1974年三次获全国围棋个人赛冠军。在中日围棋比赛中，是中国第一位战胜日本九段的棋手。进入第4届名人战循环圈，进入第14届新体育杯循环圈。进入第2届“大国手”赛四强。获1997年“海天杯”元老赛冠军，进入1997年第9届“CCTV杯”赛前四名。获1999年“电信通讯杯”快棋赛冠军。
1982年被授予九段。
陈祖德在围棋上有开创性的成就。1965年中国围棋代表团访日期间，陈祖德在实战中推出了他的围棋新型布局，取得巨大反响。围棋界称陈祖德的新型布局为“中国流”。其优点为速度快，胜率高，后成为国际最流行新型布局。于是，人称陈祖德是“中国流布局”的创始人。
陈祖德著有《超越自我——我的黑白世界》、《当湖十局细解》、《无极谱》、《徐程十局》、《黄龙周虎》、《血泪篇》、《过周十局》、《襄夏战梁程》和《西屏战梁程》等书。临终前完成《中国围棋古谱精解大系》基本部分。
1959年，获上海市围棋赛冠军。
1964年、1966年、1974年，三次获全国围棋锦标赛冠军。
1982年，获九段称号。
1983年，获国家体委颁发的体育运动荣誉奖章。
1984年，被评为中华人民共和国成立三十五年来杰出运动员之一。
1999年，被评为“新中国棋坛十大杰出人物”。
2011年10月27日，获得首届中国围棋年度大奖终身成就奖。
