博览会安排在厦门和漳州同期举办，展示面积6万平方米，其中海峡两岸农博会厦门主展区总面积达3.6万平方米，漳州花卉展区面积约2.3万平方米。厦门主展区分为两岸农业融合发展综合展区、台湾县市展区，以及果蔬、渔业、茶饮、食品预制菜、乡村文创等专业展区，同时设立省级、市级、县级展区。重点展区如下：
1、两岸农业融合发展综合展区
展示各地台湾农民创业园、海峡两岸农业合作试验区、闽台农业融合发展产业园特色产品，集中展现海峡两岸农业交流合作成就。
2、台湾县市展区
展示台湾重点农业县市产品以及台湾重点农业企业产品，展现台湾现代农业产业特色和乡建乡创成就。
3、各省、市、县展区
展示各地农特产品，以及乡村振兴成果。
4、专业展区
展示果蔬、渔业、茶饮、食品预制菜、乡村文创等产品，以及龙头企业产品。
5、花卉展区
漳州花卉展区包括海峡两岸精品花卉板块、漳州精品花卉板块、南方特色林业精品板块、海峡两岸花卉造景区、电商新业态体验馆。
