佛顶山特殊地理位置，复杂的自然条件，古老的自然发育史和保存较完好的自然生态系统，使之成为许多珍稀濒危物种的避难场所和栖息乐园，国家重点保护野生动物，珍稀、濒危植物在佛顶山森林生态系统中有着较大数量的分布。佛顶山晋升国家级自然保护区，有利于保护国家重点保护的珍稀濒危野生动植物，扩大种群数量，完善科研设施、壮大科研队伍、开展科研合作、提升科研能力，可以使佛顶山保护区成为一个重要的科研基地，为建设社会主义生态文明提供科技支撑。佛顶山森林生态系统是龙川河、余庆河的河源地，每年增加调蓄量达0.60-0.72亿m3，其强大的水源涵养功能维系着下游河流的径流平衡，发达的植物根系，可以有效遏制洪水、泥石流等自然灾害。佛顶山晋升国家级自然保护区，更好地发挥森林生态系统的综合效能，维护佛顶山区域内的生态平衡，是支撑着黔东至黔东南广大区域的国土生态安全，实现区域经济、社会可持续发展的重要基础。
佛顶山自然景点星罗密布，有金顶云海、垂帘飞瀑、飞凤朝阳、叮咚坡、九大金盘、古藤岭、古树群、万亩杜鹃、尧上仡佬族村寨等。
1、贵阳方向：
贵阳到镇远走“沪昆高速”—大地高速匝道口下，镇远到大地走“思剑高速”。全程高速，下高速后约10公里路程到景区。
2、重庆方向：
重庆到遵义走“兰海高速”—思南（遵义到思南“沿榕高速”）—石阡（思南到石阡“思剑高速”）—大地高速匝道口下。全程高速，下高速后约10公里路程到景区。
贵州佛顶山国家级自然保护区位于贵州省东北部、石阡县西南部，东邻镇远县，南与施秉县县级佛顶山自然保护区相邻，地跨扶堰、甘溪、中坝三个乡镇，总面积15200公顷。佛顶山位于贵州东部华夏系断裂构造带上。地理位置为27°15′34″～27°26′28″N，107°55′45″～108°12′20″E，东西宽27km，南北长14km。
佛顶山自然保护区属于中亚热带季风湿润气候区山地气候类型。年平均气温在海拔600m、1100m、1500m处分别为16.4℃、14.1℃、12.3℃。气温以夏季最高，冬季最低，秋季略高于春季。以7月为最热月，山麓海拔600m、1100m、1500m处月平均气温分别为27.2℃、26.7℃、24.4℃、22.6℃；以1月为最低温月，山麓海拔600m、1100m、1500m处月平均气温分别为6.0℃、5.1℃、2.8℃。保护区年日照数为1181.2～1214.0h之间，年日照百分率为27%，年太阳总辐射为3661.5mJ/m2～3723.7mJ/m2之间，是贵州光能较少地区之一。太阳辐射以夏季最多，冬季最低，春季高于秋季。佛顶山区受海洋气候影响较大，雨水丰沛，相对湿度大于80%；年均降水量1100～1350mm，为全县多雨区。降雨主要集中在4～10月，其降雨量占全年的80%以上，降水年变化呈单峰型。降水量以6月最多，12月最少；东坡雨量最多，南坡最少。
佛顶山为一沿北东南西向延伸的高大脊状山岭，是夹持于北东向断裂带间的一个巨大构造透镜体组成的地垒式山地，沿着北东向区域性大断裂与其北东面的梵净山及南西面的朱家山一脉相承。山脊呈北东南西向，长约35km，主峰位于中段，最高海拔1869.3m，向北东及南西两侧地势迅速降低。山脉北西侧为甘溪断裂谷地，南东侧为马溪断裂谷地，其最低海拔分别为500m、780m。断裂外侧出露震旦系、寒武系地层，其岩性以碳酸盐岩（白云岩）为主，多形成海拔1000m以下的岩溶峰丛地形。从区域性总的地形地貌特征上看，佛顶山为一耸立于广大岩溶低丘陵之上的高大山体，气势雄伟。
佛顶山在大地构造上属扬子准地台，位于贵州东部十分醒目的华夏系断裂构造带上。区内出露地层为晚元古宇下江群浅变质岩，自下而上分为番召组及清水江组。佛顶山区出露的晚元古宇浅变质岩，经受多次构造运动而轻度变质，首先其岩石坚硬而易脆裂的力学特性，在构造应力作用下极易形成大量的破裂结构面，其次，晚近以来又受新构造应力的强烈叠加，使岩石中断裂隙发育且开启程度好，再次，浅变质岩石中含大量的变质矿物，暴露于地表极易发生物理和化学风化，因此，浅变质岩构造—风化裂隙十分发育，加之发育深厚的残坡积物形成了佛顶山独特的水文地质环境。
佛顶山含水岩石划分为松散岩土孔隙水及构造—风化网状裂隙水两种含水类型。松散岩土孔隙水岩石广泛分布于山顶、山脊、山地剥夷面、山地斜坡及山麓地带，一般均大于2m。构造—风化网状裂隙水岩石含水带的发育深度一般为30~40m，在此以下的新鲜基岩则含水十分微弱，为浅层地下水的隔水底板。
佛顶山地表水和地下水的化学性质测定结果表明了该区水化学类型为HCO3—Ca及HCO3·SO4—Ca型水，水的矿化度和硬度极低，总硬度（以CaCO3计）24.14~58.34mg/L，属极软水。pH为7.2~7.8，属中偏碱性水。根据区域水化学资料对比，佛顶山与梵净山、雷公山及朱家山浅变质岩的水化学性质十分相近，用生活饮用及保健饮料制品良好的来源，具有重要的商业开发价值。
保护区土壤可划分为4大土纲，5个亚纲，6个土类，6个亚类。在黄壤、黄棕壤、山地矮林土、新积土、石质土和粗骨土6个土类中，以黄壤面积最大，黄棕壤次之，山地暗色矮林土较少，而其它土类则更少。黄壤和黄棕壤分布在整个保护区的所有地区，其成土母岩为粉砂质板岩、变余凝灰岩、砂质板岩、变余砂岩及硅质绢云母板岩等。海拔1300米以下多为常绿阔叶林地带的黄壤。海拔1300米以上多为常绿落叶阔叶混交林下的黄棕壤。山地暗色矮林土、冲积土、石质土和粗骨土四大土类分布的规律性不强。山地暗色矮林土，分布在海拔1750米以上山上较平缓地带，主要分布区在佛顶山山顶地区。而新积土主要分布在河流两侧平缓开阔处河漫滩地，表层有明显近期薄层沉积层。粗骨土、石质土则分布在坡度较大相对侵蚀容易的地形部位，如山脊陡坡等地。各种成土母岩分布区均零星分布有这些类土壤。
核心区东起棉花坡后山脊，沿山脊南下经上庵坡到张家湾，沿溪河由尧上对面到打杵岩；西部由冷水河经石蚌沟至陈家坡梁子，沿主峰山脊北沿到酒茶树梁子，沿山脊下到卢塘大沟；北由滥坳经四方堰到月明山，经高洞岩梁子到到老鹰岩，由卢塘坳梁子到牛路坪，经香子垱到棉花坡梁子。涉及佛顶山村、扶堰村、铺溪村、甘溪村，面积5529hm2，占保护区总面积36.4%，全部为林业用地。在核心区面积中，国有土地525hm2，集体土地5004hm2。核心区已没有居民分布
缓冲区是为有效保护核心区，在核心区外围区划出一定宽度的森林和林地地带区域，以减少保护区周边林区生产经营活动对核心区的影响。范围包括：群家山村的上寨、水盐井、鸡冠岭，凤凰屯村的西部，佛顶山村横路、桐子坪、烂沟、黄坪溪、打楚岩、鼻子岩、杨家土、凉伞湾，甘溪村的牛路坪、坳子上、山盆头、姜坡、李家对门、卢塘坳、板凳岭，铺溪村的八人轿、白果坪、张家棚、高洞岩、四方堰、滥坳等地。缓冲区总面积4325hm2，占保护区面积28.4%。其中：林地面积3877.2hm2，非林地面积447.8hm2。在缓冲区面积中，国有土地210hm2，集体土地4115hm2。
实验区是位于缓冲区外围的其他区域，面积5346hm2，占保护区面积35.2%。其中林地面积4643.2hm2，非林地面积702.8hm2。在实验区面积中，国有土地142.7hm2，集体土地5203.3hm2。
佛顶山区地带性植被为中亚热带东部湿润性常绿阔叶林，现已查明有野生植物2392种。资源中，列为国家珍稀、濒危重点保护植物有16种，其中属国家一级保护植物有珙桐、柏乐树、红豆杉、南方红豆杉、和硬叶蔸兰；二级保护植物11种，主要是柔毛油杉、花榈木、榉木、伞花木、鹅掌揪、楠木、香果树、水青树、闽南等。列入《国家重点保护野生植物名录的》有穗花杉、柔毛油杉、闽楠、金钱槭、白辛树、伞花木、银鹊树、青檀、八角莲、天麻、珙桐、柏乐树、楠木、鹅掌楸、厚朴、杜仲、水青树、香果树、木瓜红等19种。被喻为“植物活化石”的珙桐、又名鸽子树，有500多株，它是珙桐分布最为集中的地区之一。佛顶山上一株上千年的“杉木王”由于饱经沧桑，阅历丰富，具有反应生境变化的年轮，对研究古气候、古地质、古植被等都具有重要的科考价值。
佛顶山保护区内动物资源丰富，已鉴定命名的脊椎动物与昆虫共185科806种（亚种），国家重点保护野生动物32种，其中，一级重点保护动物3种，有豹、林麝，二级重点保护动物29种，有猕猴、穿山甲、豺、青鼬、水獭、大灵猫、粞羚。有鸟类143种，约占贵州省鸟类总数的28.1%，隶属于12目31科。列为国家一级重点保护野生动物鸟类有白颈长尾雉；列为国家二级重点保护野生动物鸟类即鸳鸯、凤头隼、鸢，凤头鹰、雀鹰、松雀鹰、红脚隼、红隼、红腹角雉、白冠长尾雉、红腹锦鸡、草号鸟、领角号鸟、毛脚鱼号鸟、领鸺号鸟、灰林号鸟等17种。该区鱼类资源丰富，共有37种，隶属于4目9科31属，以鲤形目为主。有国家二级重点保护动物1种，即胭脂鱼。经1985、1998年、2011年三次对该区爬行动物的调查，有爬行动物34种（亚种），隶属3目8科25属，占贵州爬行动物总数的32.1%，其中毒蛇6种。两栖爬行动物资源丰富区，经整理鉴定，共有24种及亚种，隶属2目7科14属，国家二级重点保护动物大鲵和虚纹蛙2种，在该区分布广。查明昆虫共计13目、108科、515种。有珍稀昆虫约4种，分别为黄斑宽套大蜓、巨圆臀大蜓、长直角沼蝇、娇雄蜂。
