广东省佛山市南海区人民政府于2003年3月24日决定在南海区的副中心狮山镇建设石门中学新校区。8月底，石门高级中学正式开学。石门高级中学是南海区教育局直属公办高中、首批全国300所特色高中培育学校、首批广东省青少年科学教育特色学校、广东省一级学校，与石门中学校本部一起组成了石门中学高中部。两校区统一管理、统一聘任教师、统一使用教学资源、统一配置教学设备，学生毕业颁发“石门高级中学”毕业证书（于2013年秋季新生毕业开始）。截止2011年7月，该校有60个班，3200多名学生。
石门高级中学传承石门中学历史的文化积淀，发扬“科学、协作、拼搏，传承、创新、有为”的狮山石中人精神，以“人本治校、科研兴校、特色强校”的办学思想为指导，坚持人文与科技并举，努力创办国家级示范性高中。
办校以来，学校共获得全国艺术先进教育单位、全国科普工作先进集体、全国及广东省科技创新大赛优秀组织奖、全国作文教学先进单位等近30项荣誉称号，是佛山市安全文明校园、南海区校园文化建设示范学校，先后承办了4项省级大型的体育、艺术、科技类的中学生赛事，2011年8月，佛山市第三届中学生运动会田径比赛及闭幕式在这里举行。石门高级中学已成为佛山人民广泛认同的优质高中。
截止2011年7月，石门高级中学有教职工202人，名师荟萃。有近50名南海名师，其中有佛山市名校长、南海区骨干校长和首席教师各1人，佛山市学科带头人3人，南海区学科带头人4人，南海区骨干教师11人，南海区骨干班主任3人。校区有骨干教师和教坛新秀共计176人，中、高级教师共135人，其中高级教师58人。共有硕士研究生近50人，居南海区第一位。有12位英语教师到英国或美国培训，有5位语文教师参加了国家级骨干教师培训基地的培训。
学校注重加强教师的师德建设和业务能力的提高培训，成立了佛山市首个“教师专业发展研究协会”，创设各种条件让每一位教师成长、成名。石门高级中学已形成了一支理念领先、师德高尚、业务精良、充满活力、年龄结构合理的优秀教师队伍。
石门高级中学学生进校成绩多年来居南海区直高中最后一位，但经过石门高级中学老师的精心培养，考入重点本科的学生人数居南海高中学校前3甲。
2006年首届高考，就被南海教育局称为创造了“奇迹”。2007年高考上重点线人数剧增达到124人，本科612人。2008年高考总上线人数居全区第三。2009年上本科线642人。2010年高考上省线1078人（1087人参加高考），总上线率高达99.2%，2010年上本科线818人，比09年多176人，雄居南海区第三名，上重点线77人，增幅居南海区第一名。2011年再创高考新辉煌，1044人参加考试，1038人上线，仅6人不上线，总上线率高达99.5%！本科人数、本科上线率再创新高。上2A以上首次突破500大关，比2010年多105人，达545人，占51.8%;上2B以上866人，雄居南海区第三名；本科上线率首次突破80%，高达83%；重点人数在2011年考生人数减少43人的情况下，达76人，在比率上略有上升。
一批低分进入石门高级中学的学生，却在高考考场中成为顶尖高手。石门高级中学的学生连续2年高考英语Ⅱ、地理等学科夺得佛山市单科第一名。
学科竞赛，名列前茅。仅在2010年，学生参与生物、化学、英语、电脑等学科竞赛获国家级省级奖就有115人次。在全国中学生作文大赛中，连续4年夺得一等奖，是全市获全国性奖项最多的学校。2010年全国基础教育英语综合能力竞赛中，该校区获得全国一等奖3个，二等奖14个。
在2010年度广东省宋庆龄奖学金评选活动中，该校区高三（27）班阳杰同学荣获此项奖励，获奖金3000元。
2007年3月，学校成立南海首个学生科学院。2008年3月，广东省第23届青少年科技创新大赛在石门高级中学成功举办，这是首次由中学协办的省级大赛，在这次科技创新大赛上，该校勇夺一项一等奖、二等奖二项，一项先进个人奖，居全市第一位。
2009年，学校吴梓聪同学成为广东省唯一入围全国中小学电脑制作比赛总决赛的高中学生，后被保送到华南理工大学就读。
2009年8月，高三（34）班沈钊同学参加青少年气候大使评选获全国中学组第一名，中央电视台教育频道和国际广播电台记者都来到该学校进行了为期2天的专访，节目在2010年2月22日中央电视台“绿色空间”栏目播出。
在2010年4月举行的第25届广东省青少年科技创新大赛中，该校荣获一等奖两项，二等奖两项，三等奖一项的，闫灵麟老师荣获“广东省十佳优秀科技辅导老师”称号。在2010年12月第26届佛山市青少年科技创新大赛中，石门高级中学被授予“青少年科技创新大赛佛山市十强学校”称号。
2010年4月，在第25届广东省青少年科技创新大赛开幕式上，石门高级中学同时与华南师大附中、广东省实验中学等名校一起，被批准为首批广东省青少年科学教育特色学校。2010年5月14日，中华人民共和国科学技术部、中共中央宣传部和中国科协共同发文，授予石门高级中学“全国科普工作先进集体”称号。
2011年4月，第26届广东省青少年科技创新大赛中，石门高级中学参赛的4个项目全部获得一等奖，占佛山市获一等奖总数的一半，成为广东省唯一连续几年获奖等级和数量稳居冠军的中学。其中李达坚、黄旖婧、李禹韬三位同学获得高考加分优惠或保送资格。
学校长期重视加强文化建设，从2005年起，每学年都举办文艺体育节和风筝文化节，每届都请十多位全国、省、市著名的艺术家到校讲学。学校聘请了文艺教育顾问，岭南画派第二代大师刘春草，中国音乐家协会副主席郑南，中国工艺美术大师梅文鼎，中国戏剧梅花奖得主李淑勤，广东省优秀音乐家邓国平，著名作家郑启谦、任流、何百源，著名书画家李小如、庞国钟、区锦生、何志斌，著名艺术家杨绍斌、安文江、林星云、黄灼雄、梁诗裕，山东维坊风筝协会主席陈玉林、张健民，广东阳江风筝协会主席梁汝兴等多次到校讲学。
学校重视发展学生个性特长，通过学科渗透、社团活动、主题班会、文体活动等多种途径和方式，开展丰富多彩的文化艺术活动，培养学生文学艺术素养。现有近30个学生社团，每周有固定的活动时间，有特长的学生可以大展身手。
2010年“全国学校文化与育人环境建设研讨会”在北京朝阳区隆重举行，该校区作为广东省的代表参加了这次研讨会。《在风筝文化节中培养学生的自主创新能力的实践研究》入选大会经验材料集。（全国仅20所学校入选）。
2011年1月27日该校区合唱团合唱《闲聊波尔卡》在中央电视台第十一届全国校园春节联欢晚会众多优秀节目中脱颖而出，荣获全国校园春节联欢晚会节目金奖！这是广东省唯一入选的节目。
石门高级中学十分重视增强学生的身体素质，长期坚持组织师生开展综合或专项体育竞赛，每天下午均有超过一个小时的文体活动时间。石门高级中学开办以来，就有4位学生被飞行学院录取。2006届的黄允健同学被中国民用航空学院飞行员专业录取，2009届的李伟豪同学北京航空航天大学飞行专业录取。2011届何庆锋、王啸两位同学又被飞行学院录取。
石门高级中学用地约300亩，有山有湖，鸟语花香，被社会誉为佛山“最美丽的校园”。周边环境空气清新，交通便利，是学生求学和成才的好地方。石门高级中学区域划分明显。教学区：有4幢教学楼；1幢140多米长、6层高的综合楼；1幢体艺楼和学术交流中心；图书馆有新书十万多册，近百种报纸、500多种杂志。运动区：有1个网球场，3个排球场，10个篮球场，1个经中国田径协会确认可举行各种级别比赛的田径场，1幢体育馆，一个游泳场。生活区：有7幢学生公寓，1个可同时容纳3000人就餐、获佛山市卫生A级证书的食堂。
中心广场气势磅礴，校园四季如春，乔木高大，花香四溢，绿草如茵，绿化面积90%以上。得天独厚的是，面积约60亩的原生态的东湖和西湖拥抱着师生宿舍，十几种野生动物或在湖上、或于林中嬉戏。白天校园幽雅宁静，晚上华灯齐亮胜似千灯湖，真正达到了人和环境的和谐融合。
