历史上的圆通庵规模不大，2001年恢复重建时，更名圆通寺。2003年3月31日（农历二月二十九日），圆通寺大雄宝殿正式奠基。经过近十年的努力，圆通寺已初具规模。 现圆通寺占地60余亩，建筑面积19000平方米，建有牌楼、天王殿、大雄宝殿、观音阁、藏经楼等。寺院内古木参天，两棵树龄千年，苍劲挺拔、枝繁叶茂的古杏树是吴江人文景观中独有的“十样景树”；殿堂建筑古典恢宏，佛像庄严，慈祥栩栩如生，处处能感应到莲花佛国的观音道场特色；露天金玉观音、观音阁内四面观音均为江南大型观音造像，可与普陀山观音像和峨嵋山金顶相媲美；古典园林建筑，小桥流水，莲花喷泉，假山洞天，风景秀丽，宛若仙境，历史悠久，人文景观极为丰富，集宗教、文化于一体，是一座具有千年历史的江南名刹。
寺前广场有三楹石牌楼，中间匾额“圆通寺”三字，为著名国学大师南怀谨手书。两侧配有南怀谨先生撰写、书法家杜忠诰书写的楹联：“梵呗钟声寂寂惺惺观自在，江枫鱼火尘尘刹刹见如来”，将佛学哲理和江南水乡景色融于一体。牌楼内侧一块匾额“回头是岸”，由苏州佛教协会副秘书长、吴中区佛教协会会长贯澈大和尚题写。沿中轴线过牌楼进山门是天王殿，“天王殿”三字由江苏著名书法家徐利明先生撰写。天王殿内袒腹笑颜的弥勒菩萨供奉于殿堂中央。弥勒菩萨的后方，身着甲胄、手执金刚杵的韦驮菩萨，其护法护教之愿，凝然于气宇之中。神态威严的四大天王为守护佛法之善神，分别为东方持国天王、南方增长天王、西方广目天王及北方多闻天王，手中各拿着象征风调、雨顺、国泰、民安的法器，守护佛法、镇卫国土。走出天王殿回头见到的匾额由中国书法家协会前会长启功所题写的“三洲感应”。
出天王殿，两侧是钟鼓楼。正中是大雄宝殿，殿匾“大雄宝殿”四大金字是浙江著名书法家俞德明先生所题。大雄宝殿内现供有三世如来，中间佛祖本师释迦牟尼世尊，左为东方教主药师流璃光佛，右为西方教主阿弥陀佛，庄严神圣。殿后是鳌鱼观岛，泥塑彩绘三十二应活灵活现，善才童子五十三参禅佛生动逼真。大雄宝殿后门上方有“慈航普渡”匾额，为苏州佛教协会副会长、寒山寺方丈秋爽大和尚所题。大雄宝殿后有放生池，过放生池拱桥，是“观音阁”。观音阁是二层建筑，里面供香樟木雕刻而成的四面千手观音，高11.38点米，由宁波宏托精雕有限公司制作，全部贴金。
圆通寺西花园景观区主要景点有水上露天金玉观音像、莲花池、莲花喷泉、待月楼、回廊、水榭、旱船、茶室、会务接待室、九曲石桥、观湖亭、慈孝亭、假山洞天、奇花异草、金鱼锦龟等，景致优雅，一派江南园林特色，特别这旱船，与退思园的“闹红一舸”有异曲同工之妙。圆通寺的四面千手观音像、“十样景”银杏树、金刚经塔碑，可以称为三绝。
