《初学记》中曾解释道：“无宗无上，而独能为万物之始，故名元始。
昆仑山被誉为“万山之祖”，也是“万神之乡”，是中国第一神山。事实上，关于昆仑山的真实地理位置，目前都还没有定论，只知道《山海经·大荒西经第十六》说：“西海之南，流沙之滨，赤水之后，黑水之前，有大山，有曰昆仑之丘。
而昆仑山上，最神秘的就是玉虚宫，传说昆仑山玉虚宫乃是元始天尊的道场（在封神原文中明确写出始天尊的道场是玉虚宫）。与碧游宫，八景宫并列的道教圣地。
陶弘景编定之《真灵位业图》称元始天尊位居三十六天的最上层“大罗天”中，所居仙府称为“玄都玉京”。玉京之中，黄金铺地，玉石为阶，宫中有七宝、珍玉，仙王、仙公、仙卿、仙伯、仙大夫等居于中央和两旁的仙殿中，众神仙都要按时上玉清境朝拜元始天尊。
据《历代神仙通鉴》记载，元始天尊“顶负圆光，身披七十二色”，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊一般都头罩神光，手执黍珠，或者左手虚拈，右手虚捧，象征“天地未形，混沌未开，万物未生”时的“无极状态”和“混沌之时，阴阳未判”的第一大世纪，故以阳生阴降、昼短夜长的冬至日为元始天尊的圣诞。
上清派认为太上老君、灵宝天尊、天真皇人、五方天帝等神仙皆是元始天尊所度。上清派宗师陶弘景所著《真灵位业图》将天地宇宙中的神灵共分七阶，第一阶玉清境的中位即最高位：“上合虚皇道君，应号元始天尊”，从而正式确立了元始天尊在茅山上清派乃至整个道教体系中的独尊地位，又通过称元始天尊“上合虚皇道君”，使得早期上清尊神高上虚皇道君等的地位得到保证。
