寺院组成
昌珠寺由大殿、转经围廊、廊院三部分组成。主要建筑是措钦大殿，殿内供奉一尊由全铜浇铸而成的三世佛像。
昌珠寺主寺对面的小殿，名“乃定拉康”，习惯上则常称“乃定学”（第一层）、“乃定当”（顶层）。乃定学东西长10.2米，南北宽7.3米，内有六柱。殿内后壁原供奉佛像甚多，本尊为松赞干布。乃定当与乃定学范围相同，本尊为莲花生。这幢早期建筑建成时是用“贝玛”草堆砌起来的，而建筑则是石木结构，是晚期修缮的格局。
昌珠寺经扩建后，它分前后两部分，前部为一小庭院，后部是以错钦大殿为中心的拉康大院。进了大门都是小庭院。
小庭院
小庭院长23.6米，宽16米，周围一圈回廊，廊顶一层僧房。庭院北侧系桑阿颇章，约建于十七世纪以后，是南宗宁玛派为便于该派僧众朝见来此礼佛的达赖喇嘛而修建的住房，故其内茶房、柴房、粮物仓库、膳食、住房一应俱全。后来又于1938年将其底层正中改建为三进三间的密宗拉康。桑阿颇章的地下还有一暗道。暗道从颇章外边西南一隅通出，里边的出口则在拉康内西墙南侧北端附近。暗道内还有两个狭长的储藏室。
大院
大门，是该寺的拉康大院，为该寺的主体和建筑精华所在。大院前有高大的门廊，门廊两端与围绕在整个大殿外面的转经回廊相界，适成一周，是为该寺外转经回廊。门外两侧塑护法神像二尊，站于两旁；门内两边又塑四大天王，分立左右。大院内，前部中央为天井院落，其后接错钦大殿。围绕天井院落和错钦大殿一周，则是内转经回廊。沿着中转回廊四周，内向分布着十二个内容各异的拉康，形成了井然有序的朝佛“流水线”，信徒们循此便被导引去依次朝拜各个佛尊。这种布局和大昭寺大殿布局是很相似的。
中转回廊均以单拱柱或十字拱柱承檐，但拱柱形制有早有晚，早期的拱柱下的础石形如复盆，上刻莲辩，后期础石则无雕凿。回廊南北西三面墙壁上均有壁画，南北壁绘佛传故事，西壁则绘五世达赖、固始汗、第巴桑结三像，壁画似清代以后的作品。
错钦大殿上午形制颇特殊。错钦大殿面宽五间，深三间，其四周并不用石墙封闭，而是梁柱成间，全为名堂，且开间很大，与早期建筑风格迥异，应是后增建部分。中间回廊四周十二拉康里，以祖拉康地位为最重要。祖拉康位于后部中央，其左右各一配殿，左为曲结拉康，右乃脱切拉康，门皆西向。三个拉康连为一组，周围又筑回廊一周。祖拉康开间较大，规模三进三间，主像为三世佛，两侧塑十大菩萨立像。三世佛系铜铸，从面形看，似溶进了内地某些风格。
祖拉康和错钦大殿之间亦有廊房相接。廊房三进五间，中间部分有矮柱，在中间的左右门柱上，各有一座木雕的护法神座像。座像体型矮胖，形态怪异，略似内地方士造像。雕像是较早期的艺术创作。在廊房的左右间还建置有比较小型的塔数座，建置年代先后有别，系陆续增建。
曲结拉康本尊为松赞干布，左为尺尊公主，右为文成公主，靠左臂系禄东赞立像，右臂前乃吞米·桑布扎立像，桑布扎一侧还有无量光等佛像。
脱切拉康内一柱，主供千手观音，塑像相当高大。其背光以千手相衬，两旁各塑胁侍一尊，为早期作品。拉康周壁绘有壁画，其中有则丹拉思布佛，据释他曾给松赞干布生活上有过的帮助。有趣的是殿之西南角有一立桩型的土灶，上面还放置一盆型陶器，传说为文成公主当年所用之物。
祖拉康前廊房左右尽头亦建有拉康四个，其右边自后向前为达金拉康、若丹拉康，左边一对称为次巴拉康、德谢拉康。四个拉康规模较小，皆只有一柱。
达金拉康本尊为释迦牟尼，释迦顶上置孔雀毛的华盖。释迦左右则分塑马头明王和护法神像各一尊。若丹拉康主供十一面观音，左右列塑祖师像，四壁满绘各种形式的塔。次巴拉康本尊为长寿佛，其左侧塑三尊菩萨立像，右侧塑两尊护法神像。德谢拉康主供泥塑药师佛，其中间和左右两壁共塑佛像九尊。这四个拉康中达金拉康和次巴拉康风格上似系原来所建，其余两个拉康的建筑、塑像多系后世所为。
拉康大院北侧中段，又辟一喜珠节拉康。拉康二进三间，中供十一面大慈悲观音塑像。塑像与一般十一面观音迥异。主尊左为菩萨像，右乃莲花生塑像，殿中墙壁上绘有宗喀巴、甲曹杰、克珠杰等格鲁派祖师像。
克珠杰拉康对面相应位置是鸥金拉康。该拉康是一世热振所建，分前后两室。前室开三进三，靠右壁中部塑无量长寿佛，其右侧则塑护法神像一尊。后室三进三间，殿中设一神龛，内供一层楼高的莲花生像。龛后靠壁设一神坛，上塑莲花生桑巴瓦，还有其它众多而各不相同的莲花生像。后室前壁则左右各塑一护法神像。
拉康大院尽西两边（大院前门两边）亦有东向拉康各一，系五世达赖时期所建而成的。右边为阿巴拉康，左边是通追拉康。阿巴拉康一进三间，主供一层楼高的五世达赖塑像。五世达赖左侧列塑宗喀巴等黄教祖师像，右侧列塑法王阿底峡和历世达赖像；通追拉康本尊为宗喀巴，两侧为祖师像和历世达赖像。
出阿巴拉康往北有一南向辟门的小拉康名叫“贡康”。贡康后部中供一高大护法神坐像，全身黑色，手足作爪状。其它壁前皆置有台架数层，上面摆者各种形象的护法神像，可能是与建筑同时的早期作品。
靠近若丹拉康和德谢拉康的地方，原来还各建有窣堵坡式石塔一座，其中北侧一塔时代较早。此外，在寺东南一隅外边还有莲花生殿一座。该殿三进三间，门西向。此殿虽系晚期增建，但因保存完好，眼下却是该寺唯一香火旺盛之地。
二层
大殿二层围绕着天井与天棚四周的是面积较大的平台通道，通道周围在原下层佛殿的上部位置也筑有数座佛堂。
二层的南部有拉康两座，偏西侧则是护法神殿，偏东侧者为噶鸠拉康。护法神殿位于鸥金拉康之上，二进三间，室内后二柱之间置神橱一列，内塑护法神像。橱后有一狭长通道，内供仓巴像。右壁前设有经橱，原来藏经约二百余函。神殿前部又有两柱廊屋，其三面墙壁均有壁画，内容全系各种护法神形象。
噶鸠拉康位于德谢拉康之上。该拉康左右两侧及后壁设有坛座，坛座上立塑护法神像。后部正中坛座上为时轮金刚像，右一右二亦皆双身护法神像。在左右两壁前坛座上亦均塑双社或单身护法神像，四身护法神像造型奇特，是在一个嘎拉巴碗形的胪器中，叠立四个姿态各异的护法神，为护法神造型例中极少见者。噶鸠拉康属密宗，拉康内造像多系早期作品。二层东部祖拉康及脱切拉康之上，是珠投拉康，拉康分内外两室，两室后壁及左右壁皆列佛橱，内置祖师像八十尊，一曰八十名修行者。外殿以莲花生为主像，内殿以宗喀巴为主像。像皆尺余高。泥塑外涂土黄、棕色、绿色等彩色油漆，形如琉璃，此种塑像作法也很少见。与珠投拉康紧邻还有一嘎加拉康，正好在曲结拉康之上，拉康门向北，三进三间，主供泥塑红教主尊一百个。
二层的西部，即拉康大院的门顶上，正中为达赖的行宫，行宫的北边有较小的房屋两间，名结月康，乃传为贵族休息之所，其中原存铜法器及用具甚多。有一件大明宣德年款的铜钹，是很珍贵的文物，文革中惜已流失，山南地区文管会有一征集来的铜钹，与之年款相符，是寺藏原物。
